Use dof_handler instead of dof

Modernize step-63

Merge pull request #8007 from drwells/modernize-step-25

Modernize step-25.

Merge pull request #8006 from drwells/modernize-step-24

Modernize step-24.

Modernize step-25.

This PR introduces several small changes:
1. Combine declarations and definitions of some simple functinos.
2. Remove some unused headers.
3. Switch to VTU output.

Modernize step-24.

This PR introduces several small changes:

1. Remove trailing whitespace.
2. Remove unnecessary default constructor definitions.
3. Combine declarations and definitions of some simple functions.
4. Remove some unused headers.
5. Clean up the discussion of boundaries.
6. Switch to VTU output.

Merge pull request #8005 from drwells/modernize-step-23

Modernize step-23.

Modernize step-23.

This PR introduces several small changes:

1. Don't hard-code two quadrature degrees (followup to #7943).
2. Remove unnecessary default constructor definitions.
3. Combine declarations and definitions of some simple functions>
4. Remove unused headers.
5. Improve whitespace (and remove tabs).
6. Add some more citations to WorkStream.
7. Switch to VTU output so that users can remake the movie.

Merge pull request #7971 from ginkgo-project/ginkgo-wrapper-part-2

Updating Ginkgo wrapper after Ginkgo's release 1.0.0

Merge pull request #8000 from kronbichler/cheby_doc_update

Update Chebyshev documentation

Merge pull request #8001 from dangars/fix_typo_equation

Fix typos in equations

Fix typos in equations

Update Chebyshev documentation

Fix changes suggested by @bangerth.

+ Add explanations for CGS,FCG and IR.
+ Fix the doxygen @param with [in,out] qualifications.
+ Add empty lines and fix a typo.
+ Change cerr to Assert.

Merge pull request #6982 from jppelteret/ad-helpers_08

AD Helpers: Add tests

Merge pull request #7998 from Rombur/fix_link

fix link to notebook

fix link to notebook

Reduce ADOL-C max_tape_index limit when using GCC

Merge pull request #7996 from dangars/tutorials_list_step-62

Add step-62 to the tutorials list

Add step-62 to the tutorials list

Merge pull request #7995 from jppelteret/sd-doc_02

Remove namespace aliases in SymEngine headers

Merge pull request #7991 from dangars/cmake_options

Add CMake options to the documentation

Add CMake options to the documentation

Merge pull request #7990 from bangerth/cleanup

Rename a local variable, make one 'const'.

Fix a typo.

Rename a local variable, make one 'const'.

Remove a namespace alias in header files

Fix a section label

Merge pull request #7905 from luca-heltai/parsed_convergence_table

Parsed convergence table

Merge pull request #7994 from dangars/phononic-cavity-news

Changelog entry step-62

Changelog entry

Fix documentation.

Merge pull request #7993 from drwells/add-missing-override

Add some missing override annotations to step-63.

Merge pull request #7973 from jppelteret/sd-map_utilities_02

SD tensor operations: Creation of, and addition to, substitution maps

Add some missing override annotations to step-63.

Merge pull request #7992 from bangerth/fix

Make sure a changelog entry also references the namespace of a function.

Make sure a changelog entry also references the namespace of a function.

Merge pull request #6747 from dangars/phononic-cavity

Add phononic cavity tutorial

Merge pull request #7974 from jppelteret/sd-map_utilities_03

SD scalar operations: Creation of substitution maps

Merge pull request #7738 from tcclevenger/step-63

Step-63

Set-up the dependencies

Merge pull request #7913 from luca-heltai/mapping-center

Mapping::get_center()

Merge pull request #7986 from bangerth/61-5

Align a set of equations.

Merge pull request #7987 from bangerth/fix-typos

Fix a couple of typos.

Fix a couple of typos.

Align a set of equations.

Merge pull request #7984 from jppelteret/sd-doc_01

Enable doxygen to build SD documentation

Merge pull request #7954 from bangerth/61-4

Edit the results section of step-61.

Merge pull request #7985 from jppelteret/ad-doc_02

Update module on user interfaces to AD libraries

exclude_from_rates -> compute_rate

Merge pull request #7983 from rezarastak/grid_in_abaqus_newline_fix

newline bug in grid_in_abaqus fixed

Update module on user interfaces to AD libraries

Add placeholder for documentation on symbolic differentiation

Build documentation with SymEngine enabled

reverting the effects of the last commit on the last line of the inp file

Use 'align' instead of 'eqnarray'.

Edit the results section of step-61.

fix typo in 2d_short_handwritten.inp

Removed boolean from options.

Merge pull request #7982 from rezarastak/patch-1

Arpack Solver documentation fix

Merge pull request #7966 from masterleinad/cleanup_cuda_mf_reinit

Clean up CUDAWrappers::MatrixFree::reinit interface

grid_in_abaqus test added

newline bug in grid_in_abaqus fixed

Arpack Solver documentation fix

Fixed tabs problem.

WB suggestions.

Co-Authored-By: luca-heltai <luca.heltai@sissa.it>

Moved to major.

Updated code to use VectorTools::NormType

Fix copyright notice

Comply with clang-tidy.

ChangeLog.

ParsedConvergenceTable, custom error computations, writing to files

ParsedConvergenceTable, custom error computations, time rates

ParsedConvergenceTable, custom error, no extra columns

ParsedConvergenceTable, custom error computation.

ParsedConvergenceTable, two components, ignore second one

ParsedConvergenceTable, vector function + scalar function

ParsedConvergenceTable, vector functions, single component

ParsedConvergenceTable, non scalar functions

ParsedConvergenceTable, parameters output

ParsedConvergenceTable, scalar function

ParsedConvergenceTable

Merge pull request #7981 from masterleinad/restrict_symengine_test

Restrict SymEngine test

Restrict SymEngine test

Merge pull request #7967 from masterleinad/empty_cuda_kernels

Deal with empty empty sizes in CUDA kernels

Merge pull request #7979 from luzpaz/misc-typos

Misc. typos

Correction in previous commit per request

https://github.com/dealii/dealii/pull/7979#discussion_r279517855

Misc. typos

Found via `codespell -q 3 -I ../dealii-word-whitelist.txt -S ./bundled`

Merge pull request #7943 from anates/Relative_fe_degree

Degree of quadrature based on degree of the fe-variable

Merge pull request #7976 from masterleinad/export_petsc_with_complex

Export DEAL_II_PETSC_WITH_COMPLEX variable

Update doc/news/changes/major/20190425RolandRichter

Co-Authored-By: anates <rolandar@stud.ntnu.no>

Deal with empty sizes in CUDA kernels

Merge pull request #7977 from masterleinad/improve_docu_read_write

Improve doxygen documentation for ReadWriteVector

Merge pull request #7968 from masterleinad/empty_ranges_cuda_mf_internal_reinit

Deal with empty ranges in CUDAWrappers::MatrixFree::internal_reinit

Improve doxygen documentation For ReadWriteVector

Export DEAL_II_PETSC_WITH_COMPLEX variable

Add functions to create SD subsitution maps from tensor types

Add functions to add tensor types to SD subsitution maps

Reformat a section divider

Add test for creation of SD substitution maps from scalar types