added stl read/write functions

post comments from wolfgang

added changes

Merge pull request #8962 from peterrum/gridout-vtk-optional-all

Output all faces and edges to vtk

Merge pull request #9003 from tjhei/index_set_add_indices_64

fix 64bit IndexSet::add_indices

changelog

Output all faces and edges to vtk

Merge pull request #9001 from tjhei/use_collective_mutex2

protect more MPI communication with a CollectiveMutex

fix 64bit IndexSet::add_indices

the offset parameter needs to be 64 bit to allow shifting an IndexSet in
a large computation.

part of and hopefully a fix for #8937

do not take a reference to the communicator

protect more MPI communication with a CollectiveMutex

- also replace a MPI_Probe with MPI_ANY_TAG

Merge pull request #8997 from tjhei/use_collective_mutex

use MPI::CollectiveMutex in several places

Merge pull request #8998 from rumajo/fix_gmsh_compilation

Fix compilation of gmsh support

move mutex down

use MPI::CollectiveMutex in several places

Merge pull request #8933 from tjhei/wait_all_consensus

Avoid empty MPI_Waitall in consensus algorithm

Merge pull request #8996 from masterleinad/use_face_iterators_tutorial

Use face_iterators in tutorials

Merge pull request #8964 from tjhei/mpi_wait_finalizer

implement MPI::CollectiveMutex

Fix compilation of gmsh support

Use std::ofstream rather than just ofstream.

Improve style

MPI_InitFinalize request tracking and MPI::CollectiveMutex

- implement mechanism to keep track of open MPI_Request
- implement CollectiveMutex
- add tests

Use face_iterators in tutorials

Implement face_iterators for DoFCellAccessors

Merge pull request #8981 from peterrum/matrixfree_readcelldata

Add new read_cell_data to FEEvaluationBase for arbitrary data types

Merge pull request #8983 from peterrum/matrixfree-pbc-hn-fix

Fix Matrixfree for periodic faces and hanging nodes

Merge pull request #8982 from peterrum/pft-pbcfix

Fix create_construction_data_from_triangulation for periodic boundaries

Merge pull request #8979 from agrayver/fix_copy_tria

Do not transfer the MPI communicator when copying the triangulation

Fix Matrixfree for periodic faces and hanging nodes

Fix create_construction_data_from_triangulation for periodic boundaries

Merge pull request #8989 from winnifried/master

Added changes entry for pull request #8973

Do not transfer the MPI communicator when copying the triangulation

Merge pull request #8992 from tjhei/fix_agrayver_mailmap

fix agrayver username

fix agrayver username

fixes #8990

changed notation as suggested by David Wells

Merge pull request #8984 from bangerth/61

Update the discussion about broken RT space in step-61.

Merge pull request #8987 from bangerth/simplify

Use identity<...>::type in the right place.

Merge pull request #8986 from tjhei/intel_system_include_fix

disable intel system includes

Merge pull request #8988 from bangerth/space

Be consistent with spaces.

Added changes entry for pull request #8973

Be consistent with spaces.

Merge pull request #8985 from dougshidong/fix_derivativeform_template

Fix templating of some DerivativeForm functions.

Use identity<...>::type in the right place.

Merge pull request #8968 from agrayver/fix_python_cmake

Fix python bindings configuration for new boost

Make python a required package and remove old lines

Merge pull request #8712 from marcfehling/hp-refinement

Major redesign of hp::Refinement.

disable intel system includes

fixes #8374

Step-50 cleanup (#8948)

Step-50 cleanup

Merge pull request #8973 from winnifried/master

Fix for fe-degree in VectorTools::project_boundary_values_curl_conforming_l2

Update the discussion about broken RT space in step-61.

Fix templating of some DerivativeForm functions.

The previous implementation would automatically try to convert into double.

remove dead code

Merge pull request #8971 from peterrum/matrixfree-get_level_mg_handler4

Add copy assignment to MatrixFree::AdditionalData

Merge pull request #8980 from GrahamBenHarper/graham_dev_typofix

Fix a step-61 typo

Add copy addignment to MatrixFree::AdditionalData

Indentation fixed

Add new read_cell_data to FEEvaluationBase for arbitrary data types

Added tests for fix for wrong degree calculation in project_curl_conforming_l2 for FE Systems with FE_Nedelec of different degree

Fix a step-61 typo

Major redesign of hp::Refinement.

Generalizing function and parameter names. Introducing comparators. Distinguishing between absolute and relative thresholds. Elaborating on documentation.

Bugfix: Clear coarsen flags only on active children in hp::Refinement::choose_p_over_h().

Merge pull request #8687 from marcfehling/cellweights

Refactored parallel::CellWeights.

Merge pull request #8977 from marcfehling/template-arguments

Strip trailing whitespaces.

Strip trailing whitespaces.

Fix to TPetra compile issue

Indentation fixed

Refactored parallel::CellWeights.

Fixed fe dimension in VectorTools::internals::compute_face_projection_curl_conforming_l2

Fixed fe dimension in VectorTools::internals::compute_edge_projection_l2

Merge pull request #8676 from drwells/reinit-face-iterator

Permit reinitialization with iterators instead of (sub)face numbers.

Merge pull request #8972 from tamiko/fix_doxygen

fix doxygen documentation generation for tutorial steps

fix doxygen documentation generation for tutorial steps

Newer versions seem to be a bit more picky in what they consider a valid
documentation comment.

Thus, make sure to
 - start with "/**" and close with "*/" on the same line
 - remove the only "*" from the first line

Merge pull request #8970 from peterrum/svg_docu

Fix docu of GridOutFlags::Svg

Keep compatibility

Merge pull request #8941 from drwells/fix-cmake-mathjax-error

Fix an error check with MathJax.

Fix docu of GridOutFlags::Svg

Fix python bindings configuration for new boost

Merge pull request #8967 from peterrum/test_mpi

Make MPI test suite independent from p4est

Permit reinitialization with iterators instead of (sub)face numbers.

This is convenient when paired with the new cell->face_iterators() function.

Implement two helper index functions in (Cell,Tria)Accessor.

Move a function definition.

This puts it in the same order as its declaration.

Minor doc fixes.

Rename files

Make mpi tests independent from p4est

Merge pull request #8965 from peterrum/matrixfree-get_level_mg_handler3

Add copy constuctor to MatrixFree::AdditionalData

Add copy constuctor to MatrixFree::AdditionalData

Merge pull request #8944 from peterrum/matrixfree-getfaceiterator-fix

Fix bug in MatrixFree::get_face_iterator

Merge pull request #8959 from bangerth/memory

Report how much memory was requested when we fail allocating that much.

Fix bug in get_face_iterator

Merge pull request #8885 from tjhei/fe_interface_values_3

FEInterfaceValues: gradients and hessians

Merge pull request #8927 from nfehn/cutoff_digits

new function Utilities::cutoff_digits()

Report how much memory was requested when we fail allocating that much.

address comments

Merge pull request #8898 from sophy1029/step-61

Step-61 Use FE_DGRT for Darcy velocity

Merge pull request #8952 from bangerth/delete

Delete FunctionParse copy constructor.

Merge pull request #8946 from elauksap/interpolate_fe_parallel

Make VectorTools::interpolate() working in parallel

new function Utilities::cutoff_digits()

Final implementation + update documentation and test case

Co-authored-by: Doug Shi-Dong <doug.shidong@gmail.com>

Add related test and changelog + various fixes.

Co-authored-by: Doug Shi-Dong <doug.shidong@gmail.com>

Make VectorTools::interpolate working in parallel + update documentation.

Co-authored-by: Ivan Fumagalli <ivan.fumagalli@polimi.it>

Also delete move constructors/operators.

Also delete the FunctionParser operator=.

Delete FunctionParse copy constructor.

Merge pull request #8954 from tjhei/typo

fix typos in comments