Add python interface for FunctionManifold

Merge pull request #9036 from BenBrands/test_for_hp_and_dist_tria

Adding a test for hp::DoFHandler and parallel::distributed::Triangulation

Merge pull request #9176 from peterrum/mg_transfer_remove_line

Remove unnecessary assignment

Merge pull request #9172 from luca-heltai/move-tests

Moved tests into their correct subdirectory.

Add a series of new python wrappers (#9148)

Add a series of new python wrappers

Remove unnecessary assignment

add test derived from step-4 to check interplay of hp::DoFHandler and parallel::distributed::Triangulation for a locally refined mesh

Moved tests into their correct subdirectory.

Add tests

Add a series of new python wrappers

Merge pull request #9173 from masterleinad/fixparticles_extract_index_set_01

Fix particles/extract_index_set_01

Fix particles/extract_index_set_01

Merge pull request #9074 from luca-heltai/extract-index-sets-particle-handler

Extract index sets from particle handlers

Merge pull request #9168 from luca-heltai/index-set-tensor-product-and-compress

Contiguous tensor product IndexSet.

Contiguous tensor product IndexSet.

Extract index sets from particle handlers

Extract an IndexSet with global dimensions equal to
`n_comps*particles.get_next_free_particle_index()`, containing for each
particle index, a set of `n_comps*` consecutive indices associated to
the particles that are locally owned.

The indices associated to a particle with global index `n` will be the
half open range `[n_comps*n`, n_comps*(n+1))`.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #9170 from bangerth/60

Fix formatting.

Fix formatting.

When collating the introduction of step-60 to the commented program
section, the lack of an extra newline means that the heading
'The commented program' is treated like an entry in the enumerated
list that's at the end of the introduction. Fix this by providing
an additional newline.

Merge pull request #9167 from rezarastak/patch-1

small documentation fix

small documentation fix

Merge pull request #9166 from masterleinad/avoid_narrowing_conversions

Fix narrowing conversions in tests

Merge pull request #9165 from masterleinad/restrict_complex_tests

Restrict a few more tests requiring complex values

Fix narrowing conversions in tests

Restrict a few more tests requiring complex values

Merge pull request #9144 from bangerth/fe-interface

Add to FEInterfaceValues what we already have in FEValues.

Merge pull request #9159 from bangerth/46

Update the results section of step-46.

Also update the 3d picture section.

Merge pull request #9137 from masterleinad/export_artifact_appveyor

Export the built library as artifact in appveyor

Merge pull request #9070 from luca-heltai/extract-dofs-per-component

Extract dofs per component

Merge pull request #9162 from masterleinad/fix_some_to_some

Fix MPI::Utilities::some_to_some

Extract dofs per component

Extract the set of local, active or relevant DoF indices for each

components within the mask that are owned by the current  processor. For
components disabled by the mask, an empty IndexSet is returned.

For regular DoFHandler objects, this set is the complete set with all
DoF indices. In either case, it equals what
DoFHandler::locally_owned_dofs() returns. The ownership type is fixed by
a small enum that controls which type of ownership is asked off.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #9161 from masterleinad/fix_complex_test

Fix mpi/collective_mean_std

Fix MPI::Utilities::some_to_some

Fix mpi/collective_mean_std

Merge pull request #9045 from eliasstudiert/airfoil_generator

Add airfoil grid generator

Update the results section of step-46.

Add airfoil grid generator.

Merge pull request #9124 from luca-heltai/particle-set-id

New set id method in particle.

Merge pull request #8187 from starki0815/fix_step_46

Fix bug in tutorial step-46

Merge pull request #9069 from luca-heltai/insert-global-particles

Insert particles globally.

Merge pull request #9071 from luca-heltai/map-dofs-to-support-points-mask

Map dofs to support points

Merge pull request #9143 from drwells/cleanup-function-parser

Cleanup function parser

Merge pull request #9158 from bangerth/doc-88

Better document WorkStream and mesh_loop().

Clarify the destructor for FunctionParser.

Delete some used code.

Remove an unused using declaration.

Use a ranged-for loop.

Merge pull request #9154 from peterrum/ecl-access-neighbors

ECL: access neighboring cells

Merge pull request #9053 from luca-heltai/compute_mesh_predicate_bounding_box_bug

Bug in grid_tools compute_mesh_predicate_bounding_box for dim!=spacedim triangulations

Add to FEInterfaceValues what we already have in FEValues.

Better document WorkStream and mesh_loop().

Access neighbors during ECL

Merge pull request #9152 from masterleinad/typsest_lame

Spell Lamé correctly

Merge pull request #9150 from masterleinad/fix_warnings_python_bindings

Avoid some warnings in python-bindings

Typeset Lame correctly

Avoid some warnings in python-bindings

Merge pull request #9140 from marcfehling/fixed-number-threshold

Adjusted thresholds for 'refine_and_coarsen_fixed_number'.

Merge pull request #9083 from bangerth/includes

Make sure all .h files include config.h.

Merge pull request #9142 from blaisb/colorize_subdivided_hyper_cube

Added the colorize option to subdivided_hyper_cube grid generator

Merge pull request #9146 from masterleinad/compile_lapack_separately

Compile files using the LAPACK wrappers separately

Merge pull request #9145 from bangerth/direct

Simplify references to tutorial programs.

Adjusted test output after changes to GridRefinement and parallel::distributed::GridRefinement.

Merge pull request #9109 from agrayver/add_manifold_python_support

Add python wrappers for manifolds and extend tria wrappers

Merge pull request #9093 from tcclevenger/solver_idr

add idr(s) solver

Added the colorize option to subdivided_hyper_cube grid generator

The subdivided_hyper_cube is the one of the only grid generator which
does not allow the boundaries to be colorized. This is a non-standard
behavior, because all of the other generators (hyper_cube,
hyper_rectangle, subdivided_hyper_rectangle) allow one to colorize the
boundaries. This small pull request addresses this by adding the
colorize option to the subdivided_hyper_cube grid. It also fixes the
grid_generator_from_name to make it coherent with the new
implementaiton.

Compile files using the LAPACK wrappers separately

Adjusted ranges for GridRefinement::refine_and_coarsen_fixed_fraction().

Adjusted thresholds for refine_and_coarsen_fixed_number() for both GridRefinement and parallel::distributed::GridRefinement.

Add more methods to work with manifolds. Add python tests

Simplify references to tutorial programs.

Clean up FunctionParser's documentation a bit.

Reflow comments, use doxygen commands, improve some formatting.

changelog

add idr(s) solver

- Fixed indentation
- Fixed documentation of dof_tools
- Added the const modified for the dof_comp

Merge pull request #9141 from marcfehling/hp-threshold

hp::Refinement: Adjusted comparator defaults to be in accordance with GridRefinement equivalents

Merge pull request #9139 from bangerth/grammar

Be consistent in capitalizing text. Other minor updates.

hp::Refinement: Adjusted comparator defaults to be in accordance with GridRefinement equivalents.

Merge pull request #9067 from marcfehling/hpref-assert

hp::Refinement::predict_error: Detangle assertions.

Merge pull request #9126 from bangerth/doc

Add some documentation.

Merge pull request #9138 from bangerth/doc-87

Minor grammar updates.

Merge pull request #9136 from bangerth/61-5

Link to a paper that describes step-61.

Merge pull request #9128 from bangerth/61-2

Break postprocessing the velocity out of the function that computes errors

Be consistent in capitalizing test. Other minor updates.

In the first column, all but one entry were capitalized. This greatly irks me. While there,
also capitalize all other places where text starts. Finally, there is no need to
abbreviate 'info' -- we have plenty of space in the table heading to use proper
words in their full glory.

Minor grammar updates.

Merge pull request #9130 from bangerth/61-4

Use a better way to create graphical output in step-61.

Merge pull request #9133 from bangerth/std_cxx11

Deprecate the files in base/std_cxx11 -- we no longer need them.

Export the built library as artifact in appveyor

Link to a paper that describes step-61.

Use DEAL_II_WARNING instead.

Add changelog entry.

Deprecate the files in base/std_cxx11 -- we no longer need them.

Add a changelog entry.

Use a better way to create graphical output in step-61.

Specifically, rather than creating two output files for the cell pressures
and the Darcy velocities, put them all into a single file using a method
that @kronbichler introduced a while ago.

Addressed last comments by WB.

Added missing headers in tests.

Restructured with fix of some_to_some.

Merge pull request #9127 from bangerth/61-1

Augment step-61 documentation.

Merge pull request #9117 from marcfehling/fix-pthread

Fixed cmake 3.16.0 incompatibility.

Merge pull request #9132 from bangerth/std_cxx1x

Remove long deprecated headers for C++1x.

Merge pull request #9131 from bangerth/mpi

Clarify Utilities::MPI::some_to_some().