Fix two bugs in matrix-free code

Merge pull request #9223 from peterrum/ecl-mapping-fix

Bug fix in PR #9155

Merge pull request #9225 from tjhei/doxygen_fix_citation

fix a doxygen citation

Merge pull request #9190 from bangerth/doc

Annotate a few function arguments in doxygen.

fix a doxygen citation

might be related to #9222

Fix check of neigboring cells

Merge pull request #9218 from peterrum/get_projection_matrix_for_float

Instantiate FETools::get_projection_matrix for float

Merge pull request #9215 from peterrum/dofhandlerpolicy_p4estfree

Make DoFHandlerPolicy independent of p4est

Merge pull request #9155 from peterrum/ecl-mapping

ECL: make mapping of neighbor available

Use CellId::binary_type for communication

Fix labels

Fix serial compilation

Make internal::DoFHandlerImplementation::Policy::ParallelDistributed independent from p4est

Merge pull request #9214 from peterrum/cellid_ancestorof

Add CellId::is_ancestor_of

Merge pull request #9217 from peterrum/fix_date

Fix date in header

Instantiate FETools::get_projection_matrix for float

Fix date in header

Add CellId::is_ancestor_of

Merge pull request #9211 from bangerth/instantiate

Instantiate DoFTools::map_dofs_to_support_points() also for <1,3>.

Merge pull request #9209 from drwells/fix-using-namespace-links

Keep the 'dealii::' in 'using namespace dealii::'.

Merge pull request #9208 from drwells/fix-tbb-version-check

Fix our TBB version check.

Instantiate DoFTools::map_dofs_to_support_points() also for <1,3>.

Merge pull request #9205 from bangerth/fix

Use a range-based for loop.

Fix our TBB version check.

Since the regular expression we used was eager it matched the 202 in 2020,
yielding a version number of 0.0. Note that this worked with older versions of
TBB since we would get, e.g., version 8.0 instead of version 2018.0.

Keep the 'dealii::' in 'using namespace dealii::'.

Some of our example code on the website (e.g., step-40) doesn't work since we
get rid of the preceding dealii and print

    using namespace ::LinearAlgebraPETSc;

when it should be

    using namespace dealii::LinearAlgebraPETSc;

instead. This change keeps the 'dealii::' only in this case, which currently
only occurs in step-40.cc, step-50.cc, step-55.cc, and local_integrators.h.

Annotate a few function arguments in doxygen.

Plus minor other fixes.

Use a range-based for loop.

Merge pull request #9200 from bangerth/fix-1

Fix what looks like an obvious typo in the UMFPACK source files.

Merge pull request #9201 from bangerth/fix-3

Minor doc updates.

Merge pull request #9203 from bangerth/fix-2

Simplify the code in a test a bit.

Merge pull request #9202 from bangerth/fix-4

Mark a bunch of input arguments as 'const'.

Mark a bunch of input arguments as 'const'.

Minor doc updates.

Simplify the code a bit.

In earlier versions of deal.II, the SparseDirectUMFPACK could deal
with block matrices but not block vectors, and so we needed to do some
copying around. This is no longer necessary.

Fix what looks like an obvious typo.

The BLAS_ZGER function is called a few lines below but doesn't have a
prototype/declaration.

Merge pull request #9199 from bangerth/umfpack

Avoid _n and _m as variable names.

Avoid _n and _m as variable names.

In general, we don't use variable names that start with underscores, but here using
one-letter variables can also easily be avoided.

Merge pull request #9197 from bangerth/40

Let step-40 only depend on step-6, not step-17.

Let step-40 only depend on step-6, not step-17.

Back in the day, we thought of 17 (which now uses the parallel::shared::Triangulation) as
a stepping stone to get to 40, but that's not really any longer how I think about step-40:
To me, that's a stand-alone basic technique, whereas step-17 is sort of a niche topic
for connoisseurs and those interested in a particular topic.

So remove the dependency 17->40 to make the tutorial graph simpler.

Merge pull request #9194 from bangerth/40

Label step-40 as a 'basic' tutorial program.

Merge pull request #9193 from bangerth/61

Let step-61 only build on step-51, not step-4.

Label step-40 as a 'basic' tutorial program.

So far, only steps 1-6 were listed as 'basic', but step-40 has attained a similar
status in recent years since quite a number of new programs are now parallel based
on the techniques discussed there. I think it would make sense to reflect that in
the graph by giving it a highlighted style.

Let step-61 only build on step-51, not step-4.

The tutorial graph is complicated enough as it is. We don't need to list dependencies
on some of the more basic tutorials.

Merge pull request #9188 from peterrum/dof_accessor_include

Include dof_accessor.h

Merge pull request #9191 from tjhei/mpi_h_warning

silence system header MPI warning

Include dof_accessor.h

Merge pull request #9186 from masterleinad/avoid_generic_lambda

Avoid variable template in hp::Refinement

Merge pull request #9157 from kronbichler/shape_info_inverse_shapes

Add field for inverse/projection of 1D polynomials to MF::ShapeInfo

Merge pull request #9182 from bangerth/deprecate

Deprecate some versions of DoFTools::extract_dofs().

Avoid variable template in hp::Refinement

silence system header MPI warning

I am getting
/usr/include/mpich/mpicxx.h:1523:24: warning: ‘virtual MPI::Nullcomm&
MPI::Nullcomm::Clone() const’ can be marked override [-Wsuggest-
override]

with gcc5 and mpich 3.1. Fix this.

Merge pull request #9183 from peterrum/fedgq-mem

Implement FE_Poly::memory_consumption

Add a missing newline at the end of the file.

Merge pull request #9187 from masterleinad/precise_namespace

Specify namespace in precondition.h more precisely

Merge pull request #9185 from masterleinad/fix_warnings

Avoid warnings in tests

Implement FE_Poly::memory_consumption so that memory_consumption works for FE_Q and FE_DGQ

Merge pull request #9189 from peterrum/fix_typo

Fix typo

Fix typo

Specify namespace in precondition.h more precisely

Avoid warnings in tests

Add a changelog entry.

Adjust tests.

Deprecate some versions of DoFTools::extract_dofs().

Add other versions that *return* their results, rather than doing so via
output arguments.

Merge pull request #9151 from marcfehling/hp-fixed-number

Introduced hp::Refinement::p_adaptivity_fixed_number().

Merge pull request #9125 from konsim83/feature_tensor_function_parser

Feature tensor function parser

Add a missing newline to the end of the file.

Merge pull request #9147 from masterleinad/fix_cuda_float

Test matrix-free CUDA for float

New feature class TensorFunctionParser. The class inherits directly from TensorFuntion
and has an interface similar to FunctionParser. Some stuff to iterface muParser was
moved to different files mu_parser_internal.h and *.cc. The documentation provided
is self contained apart from some places where we refer to the documentation of
FuntionParser. Changelog file provided. (All commits are squashed into this one.)

Merge pull request #9174 from nicola-giuliani/default_case_manifold

added default case for normal to mesh projection manifold

Merge pull request #9175 from kronbichler/improve_channel_with_cylinder_grid

Improve GridGenerator::channel_with_cylinder

added default case for normal to mesh projection manifold

 and indent

Choose more appropriate points for test

Changelog

Improve GridGenerator::channel_with_cylinder

Merge pull request #9036 from BenBrands/test_for_hp_and_dist_tria

Adding a test for hp::DoFHandler and parallel::distributed::Triangulation

Merge pull request #9176 from peterrum/mg_transfer_remove_line

Remove unnecessary assignment

Merge pull request #9172 from luca-heltai/move-tests

Moved tests into their correct subdirectory.

Add a series of new python wrappers (#9148)

Add a series of new python wrappers

Remove unnecessary assignment

add test derived from step-4 to check interplay of hp::DoFHandler and parallel::distributed::Triangulation for a locally refined mesh

Moved tests into their correct subdirectory.

Add tests

Add a series of new python wrappers

Merge pull request #9173 from masterleinad/fixparticles_extract_index_set_01

Fix particles/extract_index_set_01

Fix particles/extract_index_set_01

Merge pull request #9074 from luca-heltai/extract-index-sets-particle-handler

Extract index sets from particle handlers

Merge pull request #9168 from luca-heltai/index-set-tensor-product-and-compress

Contiguous tensor product IndexSet.

Contiguous tensor product IndexSet.

Extract index sets from particle handlers

Extract an IndexSet with global dimensions equal to
`n_comps*particles.get_next_free_particle_index()`, containing for each
particle index, a set of `n_comps*` consecutive indices associated to
the particles that are locally owned.

The indices associated to a particle with global index `n` will be the
half open range `[n_comps*n`, n_comps*(n+1))`.

Co-authored-by: Bruno Blais <blais.bruno@gmail.com>

Merge pull request #9170 from bangerth/60

Fix formatting.

Fix formatting.

When collating the introduction of step-60 to the commented program
section, the lack of an extra newline means that the heading
'The commented program' is treated like an entry in the enumerated
list that's at the end of the introduction. Fix this by providing
an additional newline.

Merge pull request #9167 from rezarastak/patch-1

small documentation fix

Separated hp/p_adaptivity_* tests.

Introduced hp::Refinement::p_adaptivity_fixed_number().

Decide how many cells will be p-adapted from all cells flagged for adaptation.

parallel::distributed::GridRefinement: Made internal functions accessible.

small documentation fix

Merge pull request #9166 from masterleinad/avoid_narrowing_conversions

Fix narrowing conversions in tests

Merge pull request #9165 from masterleinad/restrict_complex_tests

Restrict a few more tests requiring complex values

Fix narrowing conversions in tests

Restrict a few more tests requiring complex values