Test indentation script on Mac OSX

Merge pull request #9075 from luca-heltai/get-set-particle-positions

Get set particle positions

Merge pull request #9389 from peterrum/indexowner_division

Add assert to prevent floating point exception

Addressed last comments.

Updated documentation.

Apply suggestions from code review

Co-Authored-By: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Get and set particle positions.

Merge pull request #9371 from luca-heltai/compress-decompress

New compress/decompress using gzip.

Merge pull request #9394 from krishnakumarg1984/step7_fix_tautology

fixes a tautology/word repetition in step-7 that was distracting

fixes a tautology/word repetition in step-7 that was distracting

Merge pull request #9364 from peterrum/consensus_algo_rename_methods

Rename methods in ConsensusAlgorithmProcess

Add assert to prevent floating point exception

Merge pull request #9380 from bangerth/has_children

Replace !has_children() by is_active().

Merge pull request #9007 from peterrum/pft_copytria

Add copy_triangulation to parallel::fullydistributed::Triangulation

Merge pull request #9385 from masterleinad/fix_data_out_active_iterator_tests

Fix tests using DataOut::active_cell_iterator

Merge pull request #9373 from tjhei/tutorial_dependencies

remove unnecessary tutorial DAG edges

Add copy_triangulation to parallel::fullydistributed::Triangulation

Fix tests using DataOut::active_cell_iterator

Replace !has_children() by is_active().

Fix compilation when zlib is not available.

Merge pull request #9372 from masterleinad/fix_trailing_whitspace_script

Fix removing trailing whitespaces

Merge pull request #9381 from bangerth/graph-2

Fix the fill color for the tutorial graph legend.

Fix the fill color for the tutorial graph legend.

Merge pull request #9382 from bangerth/graph-3

Don't print lines connecting different parts of the legend.

Merge pull request #9366 from krishnakumarg1984/step10_header_expl

In step-10, fixes explanation surrounding new header inclusion. fixes…

Don't print lines connecting different parts of the legend.

In step-10, fixes explanation surrounding new header inclusion. fixes 9356

Merge pull request #9375 from krishnakumarg1984/cleanup_dag

Remove some redundant edges from tutorial DAG

Remove some redundant edges from tutorial DAG

Merge pull request #9330 from krishnakumarg1984/glossary_fix_coarsemesh

In glossary for coarse_mesh, use monospace font for refine_global call since doxygen wasn't already hyperlinking it anyway

Merge pull request #9370 from bangerth/graph

More work on the tutorial graph

remove unnecessary tutorial DAG edges

Fix removing trailing whitespaces

Merge pull request #9365 from krishnakumarg1984/step10_fix_dependency

step-10 builds on step-7. see #9358

New compress/decompress using gzip.

Change the color of time dep. tutorials to a lighter blue.

Give edges between same-kind tutorials a larger weight.

Merge pull request #9342 from bangerth/graph

Use the same color edges as for nodes in the tutorial graph.

step-10 builds on step-7. see 9358

Merge pull request #9352 from bangerth/is_active

Introduce CellAccessor::is_active().

Merge pull request #9359 from bangerth/tut

Work around a doxygen bug that triggers in step-10.

Merge pull request #9231 from kronbichler/inverse_mass_simplify

Simpler CellwiseInverseMassMatrix::apply() function

Rename methods in ConsensusAlgorithmProcess

Work around a doxygen bug that triggers in step-10.

Merge pull request #9351 from masterleinad/remove_trailing_whitespace

Remove trailing whitespace

Merge pull request #9287 from bangerth/dataout

Replace the Dataout::first_cell/next_cell() mechanism

Change all occurrences of CellAccessor::active() to CellAccessor::is_active().

Add a changelog entry.

Introduce CellAccessor::is_active().

The CellAccessor::active() function did not satisfy the
usual naming scheme of that class in which functions are called
CellAccessor::is_ghost(), CellAccessor::is_locally_owned(), etc. As a
consequence, there is now a new function CellAccessor::is_active(),
with the old function deprecated.

Add script

Remove trailing whitespace

Observe that passing a lambda function to set_cell_selection() also works.

Add a changelog entry.

Add tests.

Replace the first_cell/next_cell mechanism in DataOut.

Replace a text description by a static_assert().

Merge pull request #9096 from tamiko/mg_output

cleanup typedefs in DataOut

Merge pull request #9348 from kronbichler/typo_doc

Fix typo in step-49 doc about gmsh

Fix test

Fix typo in step-49 doc about gmsh

Merge pull request #9335 from bangerth/49

Simplify description in step-49.

Merge pull request #9249 from masterleinad/replace_more_threads_mutex

Replace Threads::mutex by std::mutex

Merge pull request #9344 from bangerth/6

Talk about mesh quality in step-6.

Merge pull request #9345 from bangerth/49-2

Clarify comments about distort_random() in step-49.

Merge pull request #9346 from peterrum/exception_fix_type

Fix input argument type of ExcFileNotOpen()

Fix input arguemnt type of ExcFileNotOpen()

Clarify comments about distort_random() in step-49.

Talk about mesh quality in step-6.

Merge pull request #9327 from bangerth/gmsh

Better document gmsh's features.

Simplify description in step-49.

Better document gmsh's features.

Merge pull request #9288 from krishnakumarg1984/krishna_constraints_doc_fix

Update constraints documentation module to reflect recent updates to step-6

Merge pull request #9337 from masterleinad/fix_some_coverity

Fix some coverity complains

Merge pull request #9328 from bangerth/write-svg

Fix the instantiations of GridOut::write_svg().

Merge pull request #9340 from krishnakumarg1984/step49_fixes

Lots of documentation fixes to Step-49 tutorial

Use the same color edges as for nodes in the tutorial graph.

Lots of documentation fixes to Step-49 tutorial

aims to wrap create_coarse_grid function in monospace font

fixes a minor typo

trying to fix the monospace font of step-49.cc file

in step 49, simplify the boundary_count loop by directly using active_face_iterators

In step-49, updates the transform code to directly correspond 1:1 with the given math formula

semantic font use for code in step-49 results/extension

Fixes a documentation error. Move extract_boundary_mesh from GridTools to GridGenerator namespace in step-49

semantic font use for code in step-49 results/extension

Merge pull request #9272 from bangerth/deprecate

Make DoFTools::count_dofs_per_{component,block} return its data.

In glossary for coarse_mesh, use semantic (code) font for refine_global call since doxygen wasn't already hyperlinking it anyway

Merge pull request #9300 from krishnakumarg1984/krishna_fix_step6_results

In step 6 results doc, move the header file inclusion sentence to reflect that we need it for Sparse_ILU and not Jacobi preconditioner

Merge pull request #9333 from bangerth/pre

Use @pre instead of @note in a number of places.

Fix some coverity complains

Merge pull request #9332 from bangerth/changelog

Add a changelog for step-71.

Merge pull request #9331 from krishnakumarg1984/fix_gmsh_url

Fix url to the gmsh website

Use @pre instead of @note in a number of places.

Add a changelog for step-71.

Updates the www URL to gmsh website

Add a set of new python wrappers (#9178)

Add a set of new python wrappers

Merge pull request #9329 from bangerth/hyperball

Better document an issue with curved boundaries.

Merge pull request #9297 from drwells/improve-deduplicate

Make GridTools::delete_duplicate_vertices() faster.

Better document an issue of curved boundaries.

Merge pull request #9111 from bangerth/step-71

step-71: the biharmonic equation.

Merge pull request #9326 from tjhei/tests_add_pack_unpack_07_output

add alternative output for tests/base/utilities_pack_unpack_07

Add a changelog entry.

Fix the instantiations of GridOut::write_svg().

By accident, we didn't instantiate the <3,3> case and users consequently
get funny linker errors that they have a hard time interpreting. Fix this.

Merge pull request #9301 from tjhei/half_hyper_shell_warning

GridGenerator::half_hyper_shell warning

add alternative output for tests/base/utilities_pack_unpack_07

Merge pull request #9318 from krishnakumarg1984/fix_l2_second_attempt_krishna

converts l_2 to LaTeX code

Merge pull request #9321 from bangerth/jump

Use the jump and average latex macros.

Use the jump and average latex macros.