cleanup and document check_indentation.sh

Merge pull request #9612 from tjhei/fix_check_doxygen_script

CI: fix check_indentation.sh script

CI: fix check_indentation.sh script

Due to the addition of check_doxygen.sh we were not checking the return
value of git diff. This means the travis check would pass even though
there was a diff.

Merge pull request #9611 from peterrum/fix_indent

[URGENT] Fix indentation in step-8

Fix indentation in step-8

Merge pull request #9584 from tjhei/ci_jenkins_set_ex

CI: Jenkins: set -x and set -e

Merge pull request #9602 from kronbichler/fix_fe_eval_constraints

Fix bug in FEEvaluation for constraints in face integrals

Merge pull request #9601 from bangerth/8

Augment the introduction of step-8.

Use \mathbf C to denote the stress-strain tensor.

Augment the introduction of step-8.

We should make the connection to the Laplace equation a bit clearer, and also
introduce some of the notation we use there.

Merge pull request #9605 from bangerth/simplify

Simplify a piece of code.

Merge pull request #9608 from tjhei/table_handler_uint64_doc

doc: TableHandler uint_64 type

doc: TableHandler uint_64 type

It looks like we never mentioned that this type is available.

Merge pull request #9604 from peterrum/ConsensusAlgorithmProcessTargets_fixtype

Fix type of ConsensusAlgorithmProcessTargets

Merge pull request #9606 from tjhei/doxygen_warnings

fix some doxygen warnings

Merge pull request #9603 from bangerth/face_indices

Convert explicit loops over faces to range-based loops.

Comment some code and add aliases for readability

fix some doxygen warnings

Simplify a piece of code.

Fix type of ConsensusAlgorithmProcessTargets

Merge pull request #9592 from tjhei/ci_test64bit

CI: github action: test 64bit indices

Changelog

Add test case

Fix bug in FEEvaluation for constraints in face integrals

Merge pull request #9593 from nfehn/master

remove redundancy from MGTransfer

Merge pull request #9556 from peterrum/vectorized_transposed

Add new vectorized_load_and_transpose and vectorized_transpose_and_store

Merge pull request #9599 from kronbichler/another_longlong_fix

Add overload for logstream's << for uint64_t

Add new vectorized_load_and_transpose and vectorized_transpose_and_store

Add overload for logstream's << for uint64_t

MGTransfer: don't repeat yourself

Merge pull request #9557 from dangars/fix_equation_step_8

Fix elastic equation of step-8

Merge pull request #9575 from tjhei/doc_tria_level_ghost

documentation: improve level_ghost_owners

Merge pull request #9595 from masterleinad/use_templated_utilities_invert_reverse_permutation

Use a template for Utilities::reverse_permutation and Utilities::invert_permutation

Merge pull request #9560 from gassmoeller/fix_polar_manifold

Handle special case for PolarManifold::normal_vector

Convert explicit loops over faces to range-based loops.

Update include/deal.II/base/utilities.h

Co-Authored-By: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Use a template for Utilities::reverse_permutation and Utilities::invert_permutation

Merge pull request #9591 from kronbichler/fix_64bit_warning

Fix two 64 bit warnings by converting to long long unsigned

Merge pull request #9587 from bangerth/follow-up

Follow up to #9581

Fix documentation and indentation

Merge pull request #9590 from kronbichler/fix_compile_64b

Eliminate two places with unsigned long long int

Add a changelog entry.

Update the readme file.

CI: github action: test 64bit indices

Test 64bit indices on the OSX github action.

Remove duplicate code of invert_permutation

Eliminate two places with unsigned long long int

Fix two 64 bit warnings by converting to long long unsigned

Merge pull request #9589 from kronbichler/fixup_geometry_info

Fix compile error of GeometryInfo::unit_tangential_vectors on clang-4/5

Fix compile error of GeometryInfo::unit_tangential_vectors on clang-4/5

Merge pull request #9574 from peterrum/anonymous_ca

Add AnonymousConsensusAlgorithmProcess

Add AnonymousConsensusAlgorithmProcess

Merge pull request #9581 from bangerth/uint64_t

Use uint64_t instead of 'unsigned long long int'.

Merge pull request #9583 from tjhei/ci_remove_checkdoxygen

CI: remove check_doxygen as we do this in Travis

CI: Jenkins: set -x and set -e

This is useful when browsing the build log to see the executed command

CI: remove check_doxygen as we do this in Travis

see #9582

Merge pull request #9582 from masterleinad/improve_indentation_jenkinsfile

Improve indentation of Jenkinsfile

documentation: improve level_ghost_owners

Improve indentation of Jenkinsfile

Merge pull request #9576 from peterrum/mglevelglobaltransfer_assert

Add assert to MGLevelGlobalTransfer

Add assert to MGLevelGlobalTransfer

Merge pull request #9571 from tjhei/fgmres_doc

amend FGMRES documentation

Use uint64_t instead of 'unsigned long long int'.

Merge pull request #9542 from tjhei/ci_run_checkdoxygen

CI: run checkdoxygen.py for each PR

CI: run checkdoxygen.py for each PR

Merge pull request #9541 from tjhei/check_doxygen_cleanup

checkdoxygen.py cleanup

Merge pull request #9579 from kronbichler/unit_tangential_vectors

Add GeometryInfo::unit_tangential_vectors

Changelog

Use new tangential vectors

Add test case

Add constexpr array with unit tangential vectors

Merge pull request #9578 from tjhei/doxygen_constexpr_macro

doxygen: replace DEAL_II_CONSTEXPR

Merge pull request #9567 from tjhei/ci_test_matrixfree

CI: run matrix_free tests

doxygen: replace DEAL_II_CONSTEXPR

Documentation looks a bit funny with this macro, but it should be safe
to replace with ``constexpr``.

Merge pull request #9549 from tjhei/parallel_64bit_changelog

changelog entry for 64bit fixes

Merge pull request #9572 from nfehn/master

improve documentation of MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg()

improve documentation of MGTransferMatrixFree::interpolate_to_mg()

Merge pull request #9521 from kronbichler/timer_remove_newline

Remove one newline at beginning of timer statistics

amend FGMRES documentation

refactor duplicated code into separate function

Add test

Add PolarManifold::normal_vector

update

Merge pull request #9570 from tjhei/fix_tutorial_inline_comments

doxygen: do not remove multiline code comments

doxygen: do not remove multiline code comments

Code in tutorials that contains multiline comments like

/*keep_constrained_dofs = */ false

were being replaced by

/ *keep_constrained_dofs = * / false

I don't see why this is necessary. The documentation looks correct to
me.

fixes #9554

Merge pull request #9569 from tjhei/doxygen_skip_header_step_b

doxygen: skip license header in step-xxb

doxygen: skip license header in step-xxb

We introduced tutorials like step-12b but we incorrectly print the
license header at the beginning of the "commented program". Filter those
out as well.

Merge pull request #9568 from tjhei/64bit_refinement

fix 64bit overflow in refine_and_coarsen_fixed_number

fix 64bit overflow in refine_and_coarsen_fixed_number

The argument max_n_cells (that probably nobody uses) was declared as an
unsigned int, meaning that we can not refine over 4 billion cells with
this function. This is now fixed.

CI: run matrix_free tests

Merge pull request #9564 from kronbichler/fe_evaluation_assert_test

Make assertions to track state in FEEvaluation debug-only

Merge pull request #9559 from bangerth/doc

Update documentation of SphericalManifold::normal_vector.

Make assertions to track state in FEEvaluation debug-only

Update documentation of SphericalManifold::normal_vector.

Merge pull request #9539 from masterleinad/replace_assert_in_tests

Redefine Assert as AssertThrow in tests

Merge pull request #9561 from bangerth/endl

Avoid using std::endl over '\n'.

Merge pull request #9526 from agrayver/add_step_49_python

Add python version of step-49

Avoid using std::endl over '\n'.

std::endl writes an endline character into the stream, but then follows
that up with a flush(). That's expensive on remote-mounted file systems,
and most unnecessary as well -- we should really just write the endline
character and put a flush() at the very end of the operation.

Add python version of step-49

Fix equation

The equation \partial_j (c_{ijkl} \partial_k u_l) is only valid if c_{ijkl} = c_{ijlk}

Merge pull request #9555 from marcfehling/test-hpconstraints

New test: p::d::tria + hp::dofh + hanging_node_constraints.