Follow-up to step-67: fix tutorial graph

Merge pull request #8319 from kronbichler/step-67

step-67: explicit time integration with matrix-free implementations

Merge pull request #9761 from masterleinad/remove_block_matrix_array

Delete BlockMatrixArray and MeanValueFilter

Merge pull request #9755 from bangerth/graphs

Copy pieces of the module graph into some of the modules.

Merge pull request #9759 from masterleinad/fix_dof_tools_12a

Fix failing test dof_tools_12a

Merge pull request #9656 from kronbichler/mapping_q_optimize

Implement matrix-free evaluation of geometry for MF::MappingInfo

Changelog

Delete BlockMatrixArray and MeanValueFilter

Fix failing test dof_tools_12a

Changelog

One new test, one included in existing one

Implement matrix-free evaluation of geometry for MF::MappingInfo

Instantiate ShapeInfo for all vectorized arrays

Fix Wolfgang's final comments

Merge pull request #5 from bangerth/step-67-3

My last changes to step-67.

Merge pull request #9753 from masterleinad/remove_lapackfullmatrix_apply_lu_factorization

Remove deprecated LAPACKFullMatrix::apply_lu_factorization

Merge pull request #9754 from bangerth/52

Also output the current time in .vtu files in step-52.

Copy pieces of the module graph into some of the modules.

For some modules, this patch copies a subset of the big module graph into the
module documentation, with the current module highlighted. This makes it
easier to see the connections between modules not just from the documentation
front page, but also from the individual modules.

Merge pull request #9752 from masterleinad/remove_deprecated_set_manifold

Remove Triangulation::set_manifold()

Add a changelog entry.

Also output the current time in .vtu files in step-52.

Link to step-67.

Link to step-67 and 69.

Be pedantically correct when looping over cells.

More work on the .cc.

Remove deprecated LAPACKFullMatrix::apply_lu_factorization

Merge pull request #9750 from masterleinad/remove_deprecated_mg

Remove deprecated Multigrid related constructors and functions

Merge pull request #9751 from kronbichler/fix_link

step-69: Refer to step-60 for parameter subscription topic

Remove Triangulation::set_manifold()

Merge pull request #9749 from masterleinad/remove_deprecated_timer

Remove deprecated Timer member functions

step-69: Refer to step-60 for parameter subscription topic

Remove deprecated Multigrid related constructors

Use std::unique_ptr instead of std::shared_ptr.

Remove deprecated Timer member functions

Fix indent

Further improve text

Avoid vectorization level

Merge pull request #4 from bangerth/step-67-b

More edits to the results section.

Merge pull request #9655 from jwitte08/shape_info_refactor

Refactor MatrixFreeFunctions::ShapeInfo

Merge pull request #9733 from rezarastak/tests_using_namesapce_dealii

using namespace dealii is removed from tests that include ../tests.h

Merge pull request #9732 from rezarastak/examples_remove_using_namespace

Remove unused "using namespace" directives in the tutorials.

Merge pull request #9746 from masterleinad/remove_paramterhandler_print_sections

Remove ParameterHandler::print_parameters_section

Merge pull request #9747 from masterleinad/remove_partitioner_get_communicator

Remove Utilities::MPI::Partitioner::get_communicator()

using namespace dealii is removed from tests that include ../tests.h

Remove unnecessary "using namespace" directives from the tutorials.

Small edits to the step-67.cc file.

Merge pull request #9727 from peterrum/mf_tree_improvement

Add improvements to the mf path graph

Merge pull request #9734 from peterrum/hp_dofhandler_remove_get_fe

Remove hp::DoFHandler::get_fe()

Merge pull request #9742 from masterleinad/remove_all_normal

Remove FEValuesBase::get_all_normal_vectors

Merge pull request #9745 from tjhei/clang10_warnings

fix a couple of Clang 10 warnings

Merge pull request #9705 from kronbichler/vectorization_name_bits

Introduce DEAL_II_VECTORIZATION_WIDTH_IN_BITS

Add improvements to the mf path graph

Remove hp::DoFHandler::get_fe()

Remove Utilities::MPI::Partitioner::get_communicator()

Remove FEValuesBase::get_all_normal_vectors

Merge pull request #9744 from masterleinad/remove_mglevelobject_clear

Remove MGLevelObject::clear()

Remove ParameterHandler::print_section

More edits to the results section.

silence boost warnings

boost: fix misleading indent

fix clang 10 warnings

Unconditionally bail out on non-AVX 256 vectorization without SSE2.

x86-64 is currently the only architecture and the file needs to be extended
in case we want to support other architectures as well.

Do not deprecate DEAL_II_COMPILER_VECTORIZATION_LEVEL for now

Changelog

Merge pull request #9740 from masterleinad/replcae_tableindices_constructors

Replace deprecated TableIndices constructors

Merge pull request #9726 from tjhei/replace_n_array_elements_in_doc

replace n_array_elements in a few comments

replace n_array_elements in a few comments

Follow-up to #9688

Remove MGLevelObject::clear()

Merge pull request #9738 from peterrum/mf_util_fix

Fix MatrixFreeTools

Replace deprecated TableIndices constructors

Fix MatrixFreeTools

Merge pull request #9737 from gassmoeller/specify_unique_namespace

Uniquely specify namespace

Merge pull request #9731 from peterrum/mf_util

Introduce new namespace MatrixFreeTools

Merge pull request #9735 from peterrum/dofhandler_n_locally_owned_dofs_return_type

Change return type of DoFHandler::n_locally_owned_dofs()

Uniquely specify namespace

Merge pull request #9736 from masterleinad/replace_construction_data

Replace ConstructionData in documentation

Replace ConstructionData in documentation

Introduce new namespace MatrixFreeTools

Change return type of DoFHandler::n_locally_owned_dofs()

Merge pull request #9725 from tjhei/deprecate_n_array_explain

annotate deprecation of n_array_elements

annotate deprecation of n_array_elements

We should always add a comment for a replacement when deprecating
something. It was not obvious here.
Follow-up to #9688

Merge pull request #9730 from peterrum/nonconti_reserve

Fix reserve in NoncontiguousPartitioner

Fix reserve in NoncontiguousPartitioner

Merge pull request #9645 from tjhei/precondition_chebyshev_report_eig

PreconditionChebyshev: report stats with output_details

Update example output

Introduce DEAL_II_VECTORIZATION_WIDTH_IN_BITS

Merge pull request #9728 from rezarastak/tutorial_doc_fix

links in the tutorials page fixed

links in the tutorials page fixed

Merge pull request #9724 from tjhei/mpi_no_avoid_a_deadlock_error_text

MPI: silence "avoid a deadlock" error message

Merge pull request #9715 from bangerth/doc

Minor additions to the documentation about higher order output.

Merge pull request #9719 from peterrum/mf_tree_fix

Fix MatrixFree graph

Make text presentation more uniform

Minor additions to the documentation about higher order output.

MPI: silence "avoid a deadlock" error message

When an exception occurs (solver convergence, out of memory, etc..), we
end up printing an error message from every single MPI rank. I have
never used this information in practice and it produces a lot of
unnecessary noise. Even worse, it produces gigantic, useless log files
when running with 100k+ MPI ranks. Therefore, I proposed removing this
altogether.

Fix MatrixFree graph

Mention step-67 in header

Improve naming of a section.

Minor text edits on step-67.

Improve the formatting of tables.

Avoid spaces before commas.