doxygen: extract everything

doxygen has a bug to not extract global enums (see #7730). The only
current know option is to change the default to extract everything by
setting EXTRACT_ALL=YES.
Also add other options while we are here and enable generating
documentation for undocumented members/classes.

Merge pull request #9849 from masterleinad/fix_tests_werror

Fix some warnings in tests with clang-10

Merge pull request #9846 from kronbichler/documentation_noncontig_partitioner

Update documentation of NoncontiguousPartitioner

Merge pull request #9815 from bangerth/complex-vectors

Allow outputting complex-valued vector and tensor fields

Fix unused warning

Fix some warnings in tests with clang-10

Merge pull request #9819 from peterrum/compute_union

Add Utilities::MPI::compute_set_union

Merge pull request #9718 from nfehn/parameter_handler

improve robustness and usability of ParameterHandler

Merge pull request #9845 from rezarastak/doxygen_warnings_1

Fix some Doxygen warnings

Merge pull request #9831 from simonsticko/hypercube_to_bounding_box

Implement functionality from Hypercube on BoundingBox

Merge pull request #9844 from masterleinad/build_debug_and_release

Build debug and release with Actions

improve usability of ParameterHandler

Slightly reformulate documentation of BoundingBox

Co-Authored-By: Martin Kronbichler <kronbichler@lnm.mw.tum.de>

Merge pull request #9821 from masterleinad/remove_shift

Remove deprecated class PArpackSolver::Shift

Merge pull request #9841 from masterleinad/convert_loops

Use more range-based for loops.

Add Utilities::MPI::compute_set_union

Add Utilities::MPI::compute_union

Update documentation of NoncontiguousPartitioner

Fix some Doxygen warnings

Merge pull request #9842 from dangars/step62_complex_vector_output

Output step-62 results as a complex-valued vector

Add a test for complex-valued tensors.

Add tests for complex-valued vector fields.

Fix the order in which we output complex-valued vectors/tensors.

Remove a comment no longer relevant.

Use better variable names.

Make sure DataOut exports vector/tensor data correctly for complex-valued cases.

Build debug and release with Actions

Use std::fill for std::vector<bool>

Output results as a complex-valued vector

Replace some loops

Merge pull request #9827 from kronbichler/fix_get_position_vector

Fix bug in VectorTools::get_position_vector for high order mappings

Merge pull request #9838 from jwitte08/step47

step-47 - fix typos

Merge pull request #9822 from kronbichler/improve_documentation_hyperball

Place figures for 2d/3d quarter hyper ball in same line

fix typos

Merge pull request #9792 from dougshidong/vector_adaptor_ghosted

Allow vector_adaptor to work on ghosted vectors.

Merge pull request #9836 from peterrum/tpetra_doxygen

Make TpetraWrappers appear in Doxygen

Make TpetraWrappers appear in Doxygen

Merge pull request #9837 from peterrum/epetra_link_update

Update Epetra link

Add test case by Doug Shi-Dong

Update Epetra link

Changelog

Merge pull request #9834 from tamiko/typos_1

Step-63: Fix two typos

Merge pull request #9803 from kronbichler/fix_hyperball_manifold_2d

Fix oversight in GridGenerator::hyper_ball in 2d

Step-63: Fix two typos

Merge pull request #9825 from peterrum/mpi_fix_warning

Fix warning in Utilities::MPI for serial release build

Remove class Hypercube.

Since it is very similar to the the BoundingBox class and the missing
functionality now has been added to BoundingBox.

Implement functionality from Hypercube on BoundingBox.

The two classes are very similar. Implement the functionality from
Hypercube on Boundingbox so that the Hypercube class can be removed.

Fix warning in Utilities::MPI for serial release build

Merge pull request #9795 from peterrum/grid_in_fix

Fix GridIn::read_vtk

Merge pull request #9797 from peterrum/dofaccessor_remove_unused_function

Remove unused functions

Test case

Fix bug in VectorTools::get_position_vector for high order mappings

Fix GridIn::read_vtk

Remove unused function

Place figures for 2d/3d quarter hyper ball in same line

Remove deprecated class PArpackSolver::Shift

Merge pull request #9707 from peterrum/json_reduced_print

Print a reduced parameter tree for XML and JSON

Merge pull request #9739 from nfehn/grid_tools

GridTools/GridGenerator: add some functions to support dim-independent programming

Merge pull request #9799 from bangerth/cleanup

Minor cleanups.

Merge pull request #9808 from peterrum/dof_accessor_simplify_update_cell_dof_indices_cache

Simplify DoFCellAccessorImplementation::update_cell_dof_indices_cache()

Merge pull request #9805 from bangerth/69

Make the spelling of 'add_parameter()' arguments consistent.

Merge pull request #9816 from tjhei/boost_guard2

more boost warning guards

Fix oversight in GridGenerator::hyper_ball in 2d

Merge pull request #9818 from bangerth/doxygen

A few doxygen-related fixes.

A few doxygen-related fixes.

Merge pull request #8824 from rezarastak/discrete_time

The class DiscreteTime implemented.

Use American English spelling.

Also update the .prm file.

Make the spelling of 'add_parameter()' arguments consistent.

Specifically, always capitalize the first letter. Right now, it's inconsistent.

Minor cleanups.

Merge pull request #9811 from peterrum/dofhandler_instantiation

Simplify instantiation of DoFHandler and hp::DoFHandler

more boost warning guards

Merge pull request #9793 from kronbichler/mapping_q_quad_pts

MappingQGeneric: Copy mapping support points to quadrature points

Merge pull request #9813 from bangerth/cleanups-2

Simplify some code by using a range-based for loop.

Merge pull request #9636 from tamiko/reintroduce_aio

Step-69: Introduce asynchronous IO mechanism

Merge pull request #9814 from bangerth/assertion

Add a missing assertion.

The class DiscreteTime implemented.

add functions to support dim-independent programming

Merge pull request #9806 from bangerth/69-2

Use AE spelling 'disk' instead of BE spelling 'disc'.

Simplify DoFCellAccessorImplementation::Implementation::update_cell_dof_indices_cache()

Merge pull request #9810 from peterrum/dofhandler_blockinfo

Add functions accepting hp::DoFHandler to BlockInfo

fix documentation

refactor to use shared pointer

Refactor output thread; only perform IO asynchronously

add an configuration option

Revert "remove asynchronous IO mechanism"

This reverts commit 7980483d1654923c44f67491699b82e6b5ce4e51.

Merge pull request #9796 from kronbichler/improve_quarter_hyper_ball

Improve mesh quality of quarter hyper ball

Use AE spelling 'disk' instead of BE spelling 'disc'.

Merge pull request #9801 from masterleinad/remove_pointer_matrix

Remove PointerMatrix*

Add a missing assertion.

Simplify some code by using a range-based for loop.

Simplify instantiation of DoFHandler and hp::DoFHandler

Add functions accepting hp::DoFHandler to BlockInfo

Merge pull request #9758 from peterrum/parallel_namespace_problem

Explicitly spell dealii::parallel in multiple places

Remove PointerMatrix*

Changelog

Add pictures of new mesh

Improve mesh quality of quarter hyper ball

Merge pull request #9787 from luca-heltai/base64-encode-decode

Encode and decode Base64 format.

Merge pull request #9800 from masterleinad/minimize_boost_geometry

Minimize boost/geometry.h includes