a test for upper triangular matrix with non trivial block matrices

a bug fixed

Merge pull request #988 from tjhei/intel_simd

intel and openmp-simd

Merge pull request #989 from tjhei/muparser_v2_2_4

update muparser to 2.2.4

update muparser to 2.2.4

intel and openmp-simd

- Intel 13 does not support -openmp-simd and generates a bogus warning
(confusing it with -o). Do not try to check for it.
- Intel 15 renamed the flag to -qopenmp-simd (see
https://software.intel.com/en-us/node/522965)

Merge pull request #986 from ESeNonFossiIo/null_operator

null operator

null operator

Merge pull request #983 from drwells/memory-usage-strlen-header

Fix two issues with C string memory consumption.

Fix two issues with C string memory consumption.
These were pointed out by @msteigemann.

Including cstring to obtain strlen is not necessary with some GCC
releases, but may be needed on other platforms.

I rewrote the call to strlen so that it does not rely on the fact that
sizeof(char) == 1 on most platforms.

Merge pull request #982 from drwells/refactor-data-out-flags-base-class

Refactor data out flags base class

Add an '@ingroup output' label to an output flag.

Consistently label constructors.

Delete extra 'public:' labels.
Things in structs are public by default.

Remove default constructor implementations.

Switch to just spaces, instead of tabs and spaces.

Replace all set_flags functions with a template.
This sacrifices some type safety in optimized mode to decrease
redundancy.

Remove empty declare and parse parameter methods.
The default implementation (also an empty block) is covered by the base
class.

Improve the TecplotFlags memory estimate.

Remove extra memory_consumption methods.
The base class (introduced by the previous commit) implements the
behavior common to all of these methods.

Add a base class for all output flag classes.
The base class uses "the curiously recurring template pattern" technique
so that they can all share a default implementation of memory
consumption (i.e., something akin to "return sizeof(*this)" works for
child classes unless overridden).

Merge pull request #981 from tjhei/inst_mismatch

fix instantiation of subdivided_hyper_rectangle

fix instantiation of subdivided_hyper_rectangle

intel compiler complains about a missing instantiation because of a missing const

Merge pull request #980 from tjhei/fix_deprecated_statement

fix placement of deprecation keyword

fix placement of deprecation keyword

Merge pull request #978 from davydden/local_integrators2

exploit symmetries in Local integrators of mass and laplace matrices
avoid copying the matrix entries and thus side effects

closes issue #976

accumulate sums over n_components

exploit symmetries in Local integrators of mass and laplace matrices without assignment operation

Merge pull request #975 from guidokanschat/documentation_relaxation_block

Add some documentation on the special structure of RelaxationBlock::A…

Add some documentation on the special structure of RelaxationBlock::AdditionalData

Merge pull request #972 from bangerth/fix-test-4

Fix a test where we may inadvertently divide by zero.

Merge pull request #973 from bangerth/fix-condition

Use a standard method to find whether a number is normal.

Use a standard method to find whether a number is normal.

In the current context, this slightly changes the behavior in that the new
condition also catches infinities, rather than just NaNs as before, but the
downstream code will still yield the same answers.

Fix a test where we may inadvertently divide by zero.

The test is also just overly convoluted.

Merge pull request #971 from bangerth/fix-test-3

Fix test.

Fix test.

The test uses acosh(0.5), but acosh is only defined for arguments >=1.

Merge pull request #970 from guidokanschat/fix_newton_threshold

fix glitch with assemble_threshold, avoid division by zero

Merge pull request #969 from tamiko/rename_two_more_header_guards

Rename two more header guards

Merge pull request #759 from guidokanschat/fix_arpack_vectors

Fix Arpack solver eigenvectors

fix glitch with assemble_threshold, avoid division by zero

Rename two more header guards

Merge pull request #967 from guidokanschat/fix_clear_in_relaxation_block

RelaxationBlock::clear() did not clear additional_data; fixed now

Merge pull request #966 from bangerth/fix-test-2

Fix a test output.

RelaxationBlock::clear() did not clear additional_data; fixed now

Fix a test output.

Merge pull request #964 from bangerth/fix-test

Fix a test.

Merge pull request #961 from tamiko/refactor_block_linear_operator

Refactoring and a bug fix for LinearOperator

Fix a test.

The test calls acosh(0.5), but acosh is really only defined for arguments >=1.

Write a single-line statement in two lines

Reword a description for a workaround

Refactoring III: Reintroduce block operations and tests

This reintroduces all block operations in a new header
"block_linear_operator.h". Tests renamed accordingly.

Refactoring II: Reintroduce PackagedOperation and related tests

This reintroduces PackagedOperation and related tests under a new header
file "packaged_operation.h". Tests renamed accordingly.

Refactoring I: Remove PackagedOperation and block stuff

Remove all PackagedOperation related code and code for block structures
from linear_operator.h, remove corresponding tests and rename remaining
tests.

Workaround for a regression in <=gcc-4.7 with partial template default values

Merge pull request #962 from tamiko/rename_header_guards

Rename header guards from __deal2__ to dealii__

Rename header guards from __deal2__ to dealii__

Merge pull request #960 from ESeNonFossiIo/linear_operator_fix

add template

add template

Merge pull request #957 from QiaoLei-88/fixDynamicSparsityPatternIterators

fix undefined behavior DynamicSparsityPatternIterators::Accessor::operator <

Merge pull request #959 from bangerth/silence-warnings

Silence warnings about unused arguments.

Silence warnings about unused arguments.

Also explain why we don't need the argument.

fix undefined behavior DynamicSparsityPatternIterators::Accessor::operator <

Merge pull request #950 from ESeNonFossiIo/block_lin_op_inv

Block lin op inv

documentation

indentation and an assert

layout

a small error

documentation

small bugs + rebase

small change in the comment

notation

a small comment

renaming the function

a -> block_matrix

preconditioner_from_diagonal_inverse

preconditioner

inverse check added

upper triangular block matrix

upper triangular block matrix tests

comments

crossed tests

small typos

lower triangular block matrix

lower triangular matrix tests

Merge pull request #947 from msteigemann/branch_petsc_vector

Add a clear function for PETSc serial and parallel vectors

Add a clear function for PETSc serial and parallel vectors

Merge pull request #953 from bangerth/check-astyle-version

Check that we have the right astyle version.

Check that we have the right astyle version.

Merge pull request #942 from mtezzele/hp_ref_bernstein

hp refinement for bernstein

hp refinement for bernstein

Merge pull request #949 from bangerth/fix-petsc-gla-test

Rewrite test.

Rewrite test.

The test uses PETScWrappers::Vector, but this class is now deprecated and indeed
produces an error now (because the respective include file has been removed
from the generic_linear_algebra.h include file.

Merge pull request #943 from davydden/local_integrators

exploit symmetries in Local integrators of mass and laplace matrices

Merge pull request #945 from drwells/modify-stokes-diffusion

Modify the default Stokes equation in step-22

Merge pull request #944 from mtezzele/failing_mapfe

Failing test for mapping_fe_field with fe_bernstein

Merge pull request #946 from tamiko/fix_documentation

Documentation: Update forgotten change in cmake.html about default locations

Documentation: Update forgotten change in cmake.html about default locations

Explain the sparsity pattern changes in step-22.
In particular, step-22 has used three different sparsity patterns at
different points.

Update the step-22 benchmark as well.

Update the step-22 numerical results.
The solution difference norms are significantly different because of the
additional factor of two. I recovered the original differences (up to
about 10%) by removing the factor.

Use the standard Stokes equation in step-22.
The usual formulation of the Cauchy stress tensor implies that there
should be a factor of two in front of the diffusion (divergence of
symmetric gradient) term.

Fix two (related) typos.

failing test for mapping_fe_field with fe_bernstein

exploit symmetries in Local integrators of mass and laplace matrices

Merge pull request #939 from QiaoLei-88/unusedFunction

suppress warning unused function 'get_element'

Merge pull request #935 from nicola-giuliani/fixed-fefield

Fixed issue with MappingFEField and build_patches

Merge pull request #940 from bangerth/remove-ala_01-test

Remove the ala_01 test.

Remove the ala_01 test.

This tests checks the construction of generic sequential vectors.
It currently fails because the sequential PETSc and Trilinos
vectors were deprecated and their corresponding typedefs in
the dealii::LinearAlgebra* namespaces removed.

suppress warning unused function 'get_element'

Merge pull request #931 from QiaoLei-88/step33_revise

Step33 revise

Restructured test for MappingFEField.

Fixed names and typedefs.

added the failing test for mappingfe

Merge pull request #937 from bangerth/change-function-name-in-step-49

Change mesh_info() to print_mesh_info().

Change mesh_info() to print_mesh_info().

Our function names almost always have a verb in it that indicates
what the function does. This one did not. Change it.

Merge pull request #936 from luca-heltai/derivative-form-number

Added template Number to DerivativeForms.

Added template Number to DerivativeForms.