deal.II 9.6.1

Merge pull request #393 from chaos-polymtl/update_p4est_to_docker_version

Update p4est package to docker image version

Merge pull request #396 from tjhei/dealii-9.6

switch to deal.II 9.6

switch to deal.II 9.6

Update p4est package to docker image version

Merge pull request #386 from tjhei/sundials

sundials: enable optimizations, disable examples

sundials: enable optimizations, disable examples

Merge pull request #384 from tjhei/netcdf-path

netcdf: export PATH to find tools

netcdf: export PATH to find tools

Merge pull request #383 from tjhei/ga-osx

fix OSX github runner

update boost

fix OSX github runner

bundled boost doesn't compile with c++17

Merge pull request #350 from tjhei/tril-14-2

trilinos 14.4

fix clang 14 on OSX compilation with Trilinos 14

fix

enable explicit instantiations

fewer cores

output details

update to 14.4

14.4

update cmake

adjust config

trilinos 14.2

Merge pull request #380 from tjhei/fix-ga

try fixing github actions

try fixing github actions

Merge pull request #379 from tjhei/bump-deal-9.5.2

deal.II version 9.5.2

deal.II version 9.5.2

Merge pull request #375 from dealii/trilinos_complex_float

Update Trilinos configuration for complex & float.

Update trilinos configuration for complex & float

Merge pull request #370 from tjhei/petsc-update

fix PETSc download URL

fix PETSc download URL

Merge pull request #371 from tjhei/fix-jenkins-rebuild

[CI] fix rebuilding on Jenkins

output on failure

[CI] fix rebuilding on Jenkins

paths between 20.04 and 22.04 were being reused and causing compile
errors

after version 9.5.1-r1

version 9.5.1-r1

after version v9.5.1-r1

version v9.5.1-r1

Merge pull request #363 from tjhei/ubuntu2204

[CI] add ubuntu 22.04

cleanup

add ubuntu 22.04

Merge pull request #345 from tjhei/enable_jenkins

Enable jenkins

Enable continuous integration using Jenkins

Merge pull request #361 from tjhei/master-default

master branch: install deal.II 9.5.1 by default

Merge pull request #360 from tjhei/ubuntu-description

fix typo in ubuntu help

master branch: install deal.II 9.5.1 by default

We will switch the default branch of candi to master to simplify testing
and development

fix typo in ubuntu help

Merge pull request #359 from alarshi/updated_package

updated slepsc and petsc packages.

Update slepc.

Address comments from PR.

updated slepsc and petsc packages.

Merge pull request #343 from tjhei/ci-osx-python

[ci] check python versions

bump version

Merge pull request #353 from tjhei/nox-on

enable Trilinos NOX

Merge pull request #352 from tjhei/sundials-on

enable sundials by default

enable Trilinos NOX

explicitly enable NOX (even though it is active by default)

enable sundials by default

Merge pull request #334 from pengfej/Error-on-Trilinos

Error about building Trilinos 14.0.0 with candi

Merge pull request #349 from tjhei/fix_checksum

fix checksum

fix checksum

Merge pull request #339 from tjhei/osx_petcs_bump

PETSc/Slepc update to 3.19.0 to support M1

update slepc

PETSc update to 3.19.0 to support M1

Merge pull request #344 from tjhei/python3-default

switch to python3 by default

switch to python3 by default

check python versions

Merge pull request #340 from tjhei/bump_hdf5

hdf5: bump to support M1

Merge pull request #338 from tjhei/osx_trilinos

support trilinos and netcdf on M1

Correctly unset PETSc environment variables.

support trilinos and netcdf on M1

hdf5: bump to support M1

Merge pull request #341 from tjhei/ci-bfd

temporary fix for CI by using bfd

remove 18.04 runner

temporary fix for CI by using bfd

fixing

Only change I made

Merge pull request #330 from tjhei/seacas_no_x11

disable x11

Merge pull request #331 from tjhei/trilinos_no_explicit

trilinos without explicit instantiations

trilinos without explicit instantiations

It turns out explicit instantiations have the following problems:
- it confuses linkers like gold leading to missing instantiations
- breaks compilation on OSX ARM (symbols with wrong arch)
- it is likely related to a big bloat in library size

Disable them for now...

disable x11

Merge pull request #325 from tjhei/ci-macos-gcc11

CI: osx use gcc-11 to fix compilation

CI: osx use gcc-11 to fix compilation

test

a

a

f

Merge pull request #323 from tjhei/ci-2204

[CI] test 22.04

fix issue on undefined reference to gotoblas

Merge pull request #322 from tjhei/netcdf-folder

nicer name for netcdf config file

test 22.04

nicer name for hdf5 config file

Merge pull request #321 from tjhei/tril_seacas_netcdf_fix

fix SEACAS support

fix SEACAS support

- netcdf support in trilinos needs some help to find correct paths
- SEACAS depends on netcdf

Enable SEACAS in Trilinos to enable exodusII

move patch into file

remove REALTYPEWIDTH modification

fix bug on metis USE_64_BIT_INDICES

Merge pull request #311 from tjhei/openblas-0.3.21

OpenBLAS v0.3.21

OpenBLAS v0.3.21

Merge pull request #297 from tjhei/tril13-2

update Trilinos to 13.2

Merge pull request #308 from tjhei/osx-instr

update OSX instructions

update OSX instructions

Merge pull request #307 from tjhei/fix_petsc_opt

fix PETSc with optimization flags

fix PETSc with optimization flags

fixes #306

I tried various combinations of single/double quotes and
reglob-protecting ${CONFOPTS} when passing to ./configure but none of
the options worked (PETSc either only picks up -O3 or fails to configure
with '-O3).

Merge pull request #304 from tjhei/numdiff-m1

numdiff: make work on M1

numdiff: make work on M1

Not sure what "natural language support" is, but it doesn't seem to be
necessary and this makes numdiff work on an M1 mac.