add grad-div residual

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33090 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add debugging function

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33089 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged from trunk r33084 through r33087.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33088 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Need to keep constrained entries also when giving both row and column indices if so requested.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33087 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Disable tests for Boost's Cuthill-McKee implementation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33086 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Also add tbb specific include directories to the list of user include dirs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33085 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged from trunk.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33084 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve readability of version detection for p4est and Trilinos

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33083 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Tentatively provide fix that chooses thread-safe assembly code path also in other cases with Trilinos version >= 11.9. However, it requires one more fix in Trilinos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33082 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed the workaround for TrilinosWrappers::VectorBase::sadd when using different maps for version >=11.9, Issue 191

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33081 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

colorize hypercubes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33079 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

I'm proud to pass the 'CMake dunce cap' on to somebody else :->

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33078 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Port to version 3.0.0, part 1.

This commit sets the following policies to the old behaviour for CMake
3.0.0 or newer:

 - CMP0026: We query the library target for its name via the LOCATION
   property.

 - CMP0037: We override the 'help' targets in case of the Makefile
   generator. Because we can(tm).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33077 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Require the current version of deal.II.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33076 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve an error message.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33075 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

More minor adjustments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33074 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove duplicate coefficient.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33073 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Explain purpose. Build on step-26.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33072 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Start to look over step-52. Adjust step-26 accordingly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33071 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation in a couple of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33070 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Escape a couple of words.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33069 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document in more detail what one line does and how to extend it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33068 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document in more detail what one line does and how to extend it.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33067 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

introduce function to set single components in mask

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33066 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation and add a missing const

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33065 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some indentation issues.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33064 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use correkt grammr.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33063 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Introduce n_global_active_cells() also in dealii::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33062 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33061 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve error message and give some guidance on what to do.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33060 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide information with many of the FEValues* functions about which update_* flag needs to be passed for the function to work. This was a common problem during the workshop.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33059 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fixed bug in delete_duplicated_vertices, which was running only up to dim instead of spacedim when considering distance.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33058 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix missing space.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33057 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Better markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33056 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Cosmetic fixes wrt CMP0037 in CMake-3.0.0

 - Suppress policy warning CMP0037 when using CMake-3.0.0, or newer
 - restrict target redefinition to ".*Unix Makefiles" Generators
 - Cleanup help messages to advertise "make info" instead of "make help"

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33055 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve documentation. Do not output the number of cells any more (only the number of active cells) because it is not often of great interest. Talk about it, though.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33054 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Unify the use of spaces before () in one place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33053 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust the name of the argument to make it clear that it refers to a
quadrature point.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33052 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33051 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix some more broken markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33050 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a broken markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33049 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fill in a missing title.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33048 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Michal Wichrowski: fix the same bug in a second place.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33047 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some documentation and clarify an awkwardly explained concept.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33046 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide some more instantiations for the codimension 1 case.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33045 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Michal Wichrowski: Instantiate some functions for codimension 1.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33044 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Triangulation::has_hanging_nodes() and similar in parallel::distributed::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33043 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Denis Davydov: Triangulation::has_hanging_nodes() and similar in parallel::distributed::Triangulation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33042 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make somewhat more general

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33041 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement FEEvaluation for FE_Q_DG0 elements

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33040 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify TrilinosSparsityPattern::is_compressed(), add test

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33039 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clarify documentation in a number of places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33038 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add something to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33037 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Provide a function with the documentation it was previously missing.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33036 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a useless line, as pointed out by Denis Davydov.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33035 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33034 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

documentation and formatting

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33033 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add access to system element

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33032 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove empty lines in output

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33031 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add instantiation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33030 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve documentation

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33029 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a note that only pertains to versions that are by now older than a year.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33027 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33026 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix bug #220: a few typos.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33025 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Simplify code a bit by moving a function from a public header file into an anonymous namespace in the .cc file.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33023 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merged from trunk  r32444 through r33019.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_manifold_id_intermediate@33020 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix documentation in examples related to disable-threads

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33019 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove a note about disable threads that is out of date

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33018 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Another one.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33017 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Just filter libclang_rt*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33016 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Do not forget to clear some cached variables

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33015 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfixes: Only check mpi consistency for "libmpi." and "libmpi_cxx."

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33014 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Fix typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33013 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix: Treat libclang_rt and libclang_rt.osx as system library

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33012 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

mention changes in operators

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33009 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make parameter parsing more conforming to other classes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33008 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Significantly expand the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33005 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Also link to the global news page now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33004 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix the target of authors.html links.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33003 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Link authors.html to the global project now.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33002 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Micha  Wichrowski: make sure we call collective operations from everywhere.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33001 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Format comment as always.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@33000 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove step-40 from the programs using SolutionTransfer.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32999 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update a comment. Remove confusing output to deallog that just goes to
/dev/null and that is duplicated to std::cout at a different location.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32998 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32997 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No longer keep the authors with the development version. Rather, keep it with the
top-level project pages.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32996 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

No longer keep the news with the development version. Rather, keep it with the
top-level project pages.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32995 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32994 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add parameter parsing to DoFOutputOperator

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32993 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

write the format of FESystem into get_fe_by_name

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32992 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Workaround for a deadlock with certain git svn versions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32991 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make one statement also compile with PETSc versions before 3.2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32990 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix output broken by Timo's recent patch to ParameterHandler.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32989 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unnecessary 'const' specifiers that Intel ICC complains about.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32988 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix typos in step-52.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32987 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

prepare for use of parameters

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32986 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: CMake, second try

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32985 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "CMake: Bugfix, do not override internal CMake calls"

So close, but yet completely wrong.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32984 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

And provide news items

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32983 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMake: Bugfix, do not override internal CMake calls

I turns out that overriding FIND_PACKAGE and calling into _FIND_PACKAGE is
not really stable

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@32982 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d