A bunch of trivial name changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_deprecated@27811 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

TODO: This three "deprecated" functions are used internally incredibly often...

... and "deprecated" seems to refer to the user interface and not internal
usage

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_deprecated@27810 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

*sigh* I have the impression that I will do this very, very often

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_deprecated@27809 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ThreadMutex -> Mutex

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_deprecated@27808 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid usage of deprecated methods and classes in source/base

    ThreadMutex -> Mutex
    Implement vector::scale in operator*=
    Drop deprecated attribute for Logstream::push/pop for now

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_deprecated@27807 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from branch_cmake

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_deprecated@27806 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Augment documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27805 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27804 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update CMake-Regressions

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27803 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some minor bugfixes in the testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27802 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Undo 27799 on vectorization as the new trick did the same thing and obscured things.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27801 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Removed two more occurences of inproper use of reinterpret_cast

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27800 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace reinterpret_cast by static_cast in access to individual elements of vectorized data types.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27799 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27798 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid some more reinterpret_cast

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27797 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid reinterpret_cast by making the declaration of struct ShapeFunctionData in FEValuesViews::Scalar/Vector public.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27796 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

There used to be a requirement that threads can only be joined by the thread that created it. This doesn't appear to be the case any more, so we can't rely on it any more to take shortcuts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27795 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Mention r27793. Also reorder things a bit.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27794 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Patch by Alexander Grayver: Release memort in SparseDirectMUMPS.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27793 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Forgot to commit this change for the previous commit" and "Change to virtual inheritance of Subscriptor"

This was a bad idea.

Internally Subscriptor is abused in a significant number of places as a
strict aliasing enforcer... and we would break this behaviour with virtual
inheritance

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27792 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Forgot to commit this change for the previous commit

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27791 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change to virtual inheritance of Subscriptor

This way,  multiple inheritance of deal.II classes still provide only one
Subscriptor base class.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27790 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one border case in initialization on non-constant Jacobians.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27789 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

Conflicts:
    deal.II/doc/development/svn.html

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27788 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add charset

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27787 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

ConstraintMatrix can perform distribute_local_to_global also in non-closed form as long as there are no constraints without any errors (this enables the use of a ConstraintMatrix dummy when one wants to more quickly write into sparse matrices).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27786 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

One more reindentation/refill of comments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27785 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small update in comment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27784 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent/refill comments in a few files to improve readability.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27783 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add operator!=.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27782 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add a note

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27781 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

missing properties

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27780 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27779 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor doc updates.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27778 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27777 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve comments. Improve check for over-/underflow in l2_norm slightly.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27776 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revised get_function_xxx methods: Put the evaluation part into separate functions. This makes code simpler as several user methods can use the same implementation. Also, we avoid to recompile them for _every_ global VectorType with exactly the same content. This speeds up compilation of fe_values.o by about a factor 2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27775 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Replace old repository links

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27774 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move inline functions to where they should be.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27773 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A more complete list of failing tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27772 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

*sigh*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27771 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Link against the correct library

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27770 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Improve the generated Make.global_options file

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27769 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove an obsolete test in configure_1_threads.cmake:

With -pthread all necessary preprocessor definitions should be already set.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27768 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update publication

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27767 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a missing cc file to CMakeLists.txt

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27766 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename DEAL2_DIR to DEAL_II_DIR in the testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27765 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document some regressions in the test suite to fix them later (hopefully soon)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27764 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix an accidentally commited merge conflict

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27763 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Revert "Bugfix: Fix an accidentally commited merge conflict"

This reverts commit 62e93ea66236eb891a3a08849668a077753d0a56.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27762 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Testsuite: Port some tests to the CMake style config.h.in

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27761 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix an accidentally commited merge conflict

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27760 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27759 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test for GeometryInfo<dim>::face_to_cell_vertices and face_to_cell_lines

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27758 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Implement correct return values for ->face_flip and ->face_rotation in 1d and 2d

This fixes a regression introduced with r27714 which made
GeometryInfo<2>::child_cell_on_face face_flip aware in 2d.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27757 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

more big output files removed

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27756 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove large output files from several steps

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27755 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Give SLEPc the MPI_InitFinalize interface like what PETSc has.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27753 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix double-free caused by wrong copy constructor of FESystem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27749 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge to add test to mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27748 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change #if to #ifdef

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27746 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27745 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove an empty folder

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27744 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline.

Conflicts:
deal.II/source/dofs/dof_tools.cc

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27743 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Deuglify

Also, try to find a fixpoint (*) for initializer lists under astyle

(*) as usual, with the help of a fixpoint iteration...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27742 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Epic bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27741 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Clear up the TODO list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27740 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Move this script to ./contrib where it belongs to

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27739 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make indent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27737 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-40: we don't need update_ghost_values() any more

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@27736 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27730 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

reformat documentation and add memory consumption

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27728 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a couple of (stupid) warnings.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27727 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reformat one statement.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27726 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

call update_ghost_values() automatically

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@27725 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing header for step-40

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@27724 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27723 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reintroduce the old make_periodicity_constraints interface as well (because this one is _very_ convenient)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27722 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add some Assertions, reindent

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27721 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Merge from Mainline

Conflicts:
deal.II/include/deal.II/grid/tria_objects.h
deal.II/include/deal.II/lac/vector.templates.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@27720 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update changes.h

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27719 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A new test for make_periodicity_constraints

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27718 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Make DoFTools::make_periodicity_constraints orientation aware

With this it is now possible to prescribe an orientation for the low level
interface, the high level interface will detect the necessary orientation
automatically, *yay*.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27717 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A new test for GridTools::collect_periodic_face_pairs

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27716 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfixes:

  - Refactor GridTools::collect_periodic_cell_pairs to GridTools::collect_periodic_face_pairs

  - Make GridTools::collect_periodix_face_pairs orientation (orientation, flip, rotation) aware

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27715 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Fix GeometryInfo<2>::child_cell_on_face to respect face_flip

This change does not trigger any regression in the test suite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27714 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Comment out unused function arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27713 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove now outdated files.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27709 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update results for PETSc 3.3.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27705 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a test that checks PETSc's Richardson solver but that has never worked and that with PETSc 3.3 now actually aborts.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27704 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Allow ConstraintMatrix::distribute_local_to_global with ChunkSparseMatrix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27703 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Reindent a couple comments. Primarily do so to trigger an automated run of the
testsuite to see if the new setup works.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27702 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor indentation changes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27701 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Integrated abstract_linear_algebra glue code. Only works with Trilinos at the moment.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@27699 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Extended abstract_linear_algebra to work with more Trilinos objects

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@27698 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

merge from mainline

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_unify_linear_algebra@27697 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Minor markup fixes.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27696 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Markup fix.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27695 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix grammar.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27694 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update an output file that produces different (now correct) results after r27655.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@27691 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d