Merge branch 'trunk' into branch_cmake

Conflicts:
deal.II/common/Make.global_options.in
deal.II/configure
deal.II/contrib/configure
deal.II/doc/news/changes.h
deal.II/doc/publications/index.html
deal.II/examples/step-42/doc/intro-step-42.tex
deal.II/include/deal.II/base/config.h.in
deal.II/include/deal.II/integrators/laplace.h
deal.II/source/Makefile
tests/integrators/laplacian_01.cc
tests/integrators/laplacian_01/cmp/generic

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26288 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26287 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Quick Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26286 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add support for zlib

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26285 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add Support for contrib functionparser, TODO: external

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26284 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Assume that std::numeric_limits is available. This has been the case for a very long time already.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26283 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add support for netcdf and mpi

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26282 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Compilers have had std::i/ostringstream for a long time. Remove alternative.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26281 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

std::iterator has been in compilers for a long time, so remove the #ifdefs that provide alternate solutions.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26280 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Roundup...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26279 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

MT_POSIX_NO_BARRIERS added

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26278 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Furhter configuration changes

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26277 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A bunch of checks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26276 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

BUGFIX: Build C code with -fpic.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26275 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26274 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some more basic configuration...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26273 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename check_cxx_features to check_for_cxx_features

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26272 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename prepare_* to configure_*

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26271 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Some platform checks

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26270 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move parts from numbers.h into types.h to fix circular inclusion of types, numbers, and config.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26269 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26268 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

test TextOutputFormat::simple_table_with_separate_column_description

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26267 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

new TextOutputFormat::simple_table_with_separate_column_description

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26266 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

A small TODO list

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26265 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

New configuration behaviour:

The library autodetection no defaults to use external libraries.
The following configuration toggles can be used to overwrite the behaviour:

DEAL_II_ALLOW_CONTRIB
  Allow the use of contrib libraries if an external library is not found.

DEAL_II_FORCE_CONTRIB_*
  Force the use of a contrib library. This overwrites the autodetection as
  well as DEAL_II_ALLOW_CONTRIB

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26264 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Bugfix: Set up the Include directories at an appropriate time...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26263 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

CMAKE Build environment for Umfpack

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26262 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Small Typo

git-svn-id: https://svn.dealii.org/branches/branch_cmake@26261 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Do not even make petscall if not needed (PETSc>3.0.0).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26260 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add -Wno-unused-local-typedefs to the list of compiler flags as necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26259 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove some commented out code that is apparently no longer necessary.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26258 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Avoid a number of warnings about unused function arguments.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26257 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Disambiguate call to vector::push_back to make gcc 4.8 happy.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26256 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove unused local typedefs along with lengthy documentation that is no longer accurate.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26255 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Adjust whitespace in output file to account for r26251.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26254 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Yet another test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26253 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add a test.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26252 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make diffs not ignore whitespace for all tests.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26251 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Use '\n' instead of std::endl and add a std::flush at the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26249 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Increase precision even more. There are still numbers that are printed as 0.xxxx7 or 0.xxxx8 as they are 0.xxxx75.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26246 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Document the Clang fix for Threads::Task when accessing the return value. The corresponding patch accidentally got committed as part of r26233.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26245 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make clang++ happy by ensuring that operator== is actually declared in the same namespace as its arguments (namely, namespace dealii).

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26244 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Throw away small entries rather than printing them as 0.000 (or as a blank space) if they are truly zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26242 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Throw away small entries rather than printing them as 0.000 (or as a blank space) if they are truly zero.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26241 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Throw away entries in the matrix with a more generous threshold. This test is rather instable at a tolerance of 1e-16 and doesn't allow for good comparisons.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26237 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

start simplification of DoFHandler; remove dimension-dependent names in DoFLevels

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26236 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add and document the new make report+summary in the testsuite

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26235 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make code the same in debug and optimized mode. Otherwise this is a
prescription for subtle bugs.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26234 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a bug where we try to access elements in a matrix that are beyond the end.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26233 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix assertion.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26231 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Implement advection operators in weak form

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26230 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Change OpenMPI output and add comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26229 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Suppress an erroneous warning by pgCC.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26227 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make code slightly more elegant and also make it work with the PGI compiler at the same time.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26226 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add to the documentation.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26225 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update ignores

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26222 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update ignores for eclipse files

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26221 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

remove offset parameter from DoFHandler::distribute_dofs() (was never tested/working correctly)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26220 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

replace URL by branch

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26217 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix URL bug

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26216 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make font in table smaller

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26215 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

report additional libraries

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26214 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Output the deal.II URL to be able to detect branches

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26213 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing scaling factor

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26212 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing -f in remove command

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26211 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26210 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix one more markup problem.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26209 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix it in 3 more places.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26208 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix spelling: @pre instead of @precondition.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26207 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove template argument in hopes that doxygen can resolve the link.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26206 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

fix wrong link to step in comment

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26201 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Re-add link to changes post-7.2.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26198 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update tests (release task step 7)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26196 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update autoconf (release task step 6)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26195 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update deal version for pending release (release step 6)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26193 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Go through steps 1-3 in the release task list.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26191 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix a problem where the wrong file was deleted in r26004.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26190 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

document ghosted vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26189 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Make tmp files in different make targets unique. Maybe that helps with
occasional cases where one library gets built but the other apparently doesn't...

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26188 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update svn:ignore in tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26187 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Format the HTML.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26186 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Fix markup.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26185 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Update.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26184 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add mention of step-41.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26183 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

step-32: fix sadd with ghosted vectors

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26182 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove a link. Add a note.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26181 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Add missing anchor.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26180 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove link to deleted report.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26179 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Remove link to a hopelessly outdated report.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26177 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

move working tests from fail to lac

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26173 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

return from ConstraintMatrix::close() in case of a cycle so we can test this.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26168 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

update tests

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26167 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve handling of HDF5 (patch from Eric Heien)

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26166 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

Rename types::invalid_material_id to numbers::invalid_material_id and similar for boundary_id.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26165 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

improve cycle detection

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26164 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

limit the number of entries in a ConstraintMatrix generated while close()ing to detect complicated cycles.

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26156 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

make test compi;e

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26154 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

keep types in types and numbers in numbers

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26153 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add a TODO

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26152 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d

add missing inheritance

git-svn-id: https://svn.dealii.org/trunk@26151 0785d39b-7218-0410-832d-ea1e28bc413d