Merge pull request #17135 from tjhei/latex-errors2

fix a bunch of latex formula errors

Merge pull request #17133 from tjhei/step-90-edit

step-90: doc fixes, add funding

Substantially increase the documentation of SUNDIALS::IDA.

fix a bunch of latex formula errors

step-90: doc fixes, add funding

Merge pull request #17129 from marcfehling/verbose-trilinos

Enhance an assertion message.

Merge pull request #15959 from peterrum/mf_src_ghosts_were_set

MatrixFree: do not update ghost values of a ghosted src vector

Merge pull request #16317 from peterrum/mf_mappingq_assert

MatrixFree: check that JxW is not negative

Matrix-free MappingInfo: Update documentation of internal functions

MatrixFree: check that JxW is not negative

MatrixFree: do not update ghost values of a ghosted src vector

Merge pull request #17126 from drwells/rpe-cache

Add another constructor for RemotePointEvaluation.

Merge pull request #15163 from peterrum/evaluate_and_process_refactor_no_copy

RPE::evaluate_and_process(): pack only if needed

Enhance an assertion message.

Merge pull request #16970 from kronbichler/simplify_simplex_calls

FEEvaluation for simplices: Arrange gradients contiguously

FEEvaluation for simplices: Arrange gradients contiguously

Merge pull request #17124 from MFraters/make_parameter_handler_get_path_public

Make ParameterHandler get path function public.

Merge pull request #17127 from drwells/kokkos-musl

Fix a compilation error with Kokkos+musl libc.

Fix a compilation error with Kokkos+musl libc.

Same as a7c7a4126de76da7f9f7ac157770183829839640 in kokkos/kokkos.

This is a glibc, not standard, header so this feature doesn't work when we have
a different libc.

Merge pull request #17100 from vyushut/CTest_step_twenties

Covering by CTests the tutorials from step-21 to step-29

Merge pull request #17092 from bangerth/ida

Add more SUNDIALS::IDA tests.

Add another constructor for RemotePointEvaluation.

Rather than setting up its own cache, we can just re-use the existing one. Also
re-use cached values.

Improve ParameterHanderl get current path functions.

step 21 to step 29. Adding range-based checks of solver iterations. For example, if the solver reports 7 and 9 iteration for some two time steps, then the range 6-10 will be checked.

Make ParameterHandler get path function public.

Merge pull request #17116 from tjhei/test-example-script-not-fatal

Make test/example/update_diffs script not fail

Merge pull request #17096 from bangerth/arkode-2

Fix querying time steps in ARKODE.

Merge pull request #16878 from vyushut/step86

Step-90 TraceFEM tutorial

Merge pull request #17115 from tjhei/doc-test-examples

fix readme for tests/examples/

Update a testcase for IDA.

Update the changelog entry.

Fix querying time steps in IDA.

Add a changelog entry.

Update a testcase for ARKODE.

Fix querying time steps in ARKODE.

The tutorial step-90 demonstrates an efficient implementation of the stabilized TraceFEM using adaptive refinement and meshworkers. (Squashed after the review process)

update_diff script

Merge pull request #17111 from bangerth/kinsol

Add another KINSOL test.

fix readme for tests/examples/

Merge pull request #15604 from bangerth/local-integrators

Deprecate the contents of the LocalIntegrators namespace.

Merge pull request #17029 from peterrum/mf_tools_new

`MatrixFreeTools::compute_diagonal()` and `compute_matrix()` for face and boundary integrals

RPE::evaluate_and_process(): pack only if needed

Generalize MatrixFreeTools::compute_diagonal() and MatrixFreeTools::compute_matrix()

Merge pull request #17110 from kronbichler/fix_merge_triangulatoins

merge_triangulations: Make sure to not copy any manifold ids

Merge pull request #17076 from masterleinad/fix_symengine_tests

Try fixing symengine tests

Merge pull request #17112 from bangerth/fe-values-views

Make code easier to read.

Make code easier to read.

Add another KINSOL test.

Adapt test that explicitly uses cell manifolds

merge_triangulations: Make sure to not copy any manifold ids

Merge pull request #17107 from vyushut/step-32_assert

step-32 Assert failure with 1 MPI rank

Add another IDA test, this time for lacking initial velocities and one initial condition.

Add another IDA test, this time for lacking initial velocities.

Merge pull request #17108 from bobmyhill/pymuparser_docs

added pymuparser link to docs

Add another IDA test for DAEs.

Simplify test.

added pymuparser to docs

Add more SUNDIALS::IDA tests.

When running on one rank, there are of course no ghost elements, and this tutorial step-32 throws an error. This assert was introduced in #16335.

Revert "Merge pull request #17024 from bangerth/stream-for-output"

This reverts commit bdf3ad07e2ffe13f7e2f2875123682bd4ca22d23, reversing
changes made to 843593ab51798ee5569a22f52392f0d5f70b532b.

Try fixing symengine tests

Merge pull request #17105 from masterleinad/fix_kokkos_n_threads

Add changelog entry for InitFinalize Kokkos fix

Merge pull request #17095 from gassmoeller/update_particle_documentation

Remove deprecated function. Update documentation.

Merge pull request #17104 from bangerth/grammar

Fix a grammar error.

Add changelog entry for InitFinalize Kokkos fix

Merge pull request #17098 from masterleinad/fix_kokkos_n_threads

Initialize Kokkos after setting threads

Remove deprecated function. Update documentation.

Fix a grammar error.

Merge pull request #17093 from bangerth/unsigned

Turn the returned value of a function into an 'unsigned'.

Merge pull request #17102 from marcfehling/dox

step-72: fix doxygen formatting.

step-72: fix doxygen formatting.

See also: https://www.doxygen.nl/manual/markdown.html#mddox_emph_spans

Merge pull request #17099 from vyushut/step-9_regression

On a recently added CTest for step-9

Merge pull request #17101 from tjhei/doc-vector

documentation: improve Vector reinit

documentation: improve Vector reinit

The regression test shows that step-9 converges in 1046 (not the expected 1049) iterations for the refinement level 5. The method check_solver_within_range is used now with the 335 (corresponds to refinement level 1) to the 1050 range of accepted results.

Initialize Kokkos after setting threads

Turn the returned value of a function into an 'unsigned'.

Merge pull request #17086 from tjhei/doc-no-normal-flux

document VectorTools::no_normal_flux_constraints

Merge pull request #17084 from vyushut/examples_output

Covering all tutorials from step-5 to step-20 by CTest.

Covering all tutorials from step-5 to step-20 by CTest.

document VectorTools::no_normal_flux_constraints

Merge pull request #17085 from tjhei/fix_fesystem_degree_bug

fix bug in FESystem degree with 0 multiplicity

fix bug in FESystem degreee with 0 multiplicity

Bug was introduced in #17062

Merge pull request #17054 from Rombur/python_module

Add doxygen documentation of python functions

Add doxygen documentation of python functions

Merge pull request #17080 from drwells/gcc-14-warnings

Fix some minor gcc-14 warnings.

Avoid an array out-of-bounds warning.

Avoid a misleading indentation warning.

Avoid a 'possibly dangling reference' warning.

Merge pull request #17081 from tjhei/tensor_fix_comment

fix incorrect comment in Tensor::unroll

fix incorrect comment in Tensor::unroll

Merge pull request #17017 from bangerth/quadrature

Remove Quadrature(unsigned int) from the public interface.

Merge pull request #17077 from bangerth/55

step-55: Be uniform where timer sections are placed.

Merge pull request #17078 from bangerth/53

step-53: Minor edit.

Merge pull request #17079 from bangerth/55-2

step-55: Give better names to local matrices.

Merge pull request #16958 from kronbichler/clean_up_fe_point_eval

FEPointEvaluation: Use separate reinit function for clearer separation

step-53: Minor edit.

step-55: Give better names to local matrices.

step-55: Be uniform where timer sections are placed.

Merge pull request #17074 from gassmoeller/update_documentation_fe_evaluation

Update documentation for FEEvaluation