Merge pull request #15392 from taojinllnl/add_entry_news_changes_minor

add an entry in doc/news/changes/minor for PR #15377

Test symengine/symengine_tensor_operations_04: fix test compilation

This partially reverts 7ad068984b29f5712dd2bed5742459a9e2030ac3

This part has been commited and merged accidentally (partly due to our
CI not testing any symengine artifacts).
Unfortunately, the anticipated replacement of `begin_raw()` by
`unrolled_to_component_indices(i)` does not work as intended. It is
neither implemented for Tensor of rank 0, nor for SymmetricTensor of
rank 4.

Merge pull request #15393 from bangerth/doxygen

Fix poor doxygen indentation choices.

Fix a typo in the name of a function in the documentation.

Minor adjustment to step-77.

Work around an Intel18 compiler issue.

Merge pull request #15389 from tamiko/fix_metis_tests

Testsuite: metis/metis_*: only run tests, do not compare output

Merge pull request #15391 from masterleinad/fix_arborx_tests_trilinos14_kokkos4

Fix ArborX tests for Trilinos 14/Kokkos 4

Correct a version number.

Fix ambiguity for TrilinosWrappers::Iterators comparison operators using C++20

Restrict some tests requiring hypre

Test sharedtria/communicate_active_fe_indices_01b: do not compare test output

The parallel distribution is computed with metis, which is not stable.
Simply skip comparing the test output which listed the number of local
degrees of freedom of a distributed, shared triangulation.

Test scalapack/scalapack_05: add output variant

It is a bit disconcerting that the computed recirpocal condition number
of the matrix changes. But given the fact that the manual computation
(first number) and the scalapack-internal function return vastly
differing numbers already tell me that the test setup simply isn't
robust.

Let us add an output variant for the scalapack_05 test. I get almost the
same number on three different configuration so I am hopeful that we can
get away with an output variant for the time being.

Add a changelog entry.

Add a test.

Optimize IndexSet::add_indices() for the case of duplicate indices.

Merge pull request #15386 from drwells/codespell-9.5

Release preparation: Run codespell.

Test rpe/distributed_compute_intersection_locations_{02,04} do not compare output

Let us also modify the following two tests with all their mpirun
variants. I again see slight differences between gcc and clang versions,
and between libc++ and libstdc++.

Test rpe/convert_intersections_to_rpe_data_02: do not compare output

This test outputs a mesh with differing results between standard
libraries (gnu libstdc++ versus clang/llvm libc++).

Instead of adding another output variant for libc++, let us simply
disable the final comparison and run the test only relying on cgal and
our library to throw an error.

Test rpe/convert_intersections_to_rpe_data_02: do not compare output

This test outputs a mesh with differing results between cgal library
versions and underlying standard library. I see at least three different
results on the regression tester.

Instead of adding three different variants per mpirun, let us simply
disable the final comparison and run the test only relying on cgal and
our library to throw an error.

Test opencascade/stl_write: do not compare output

The output of this test is a mesh where depending on the opencascade
version in question, toolchain and hardware a slightly different
interpolation is found. Let us not compare the final mesh and simply
rely on the routine to throw an error if it cannot create and write the
mesh.

Test opencascade/stl_refinement: do not compare output

The output of this test is a mesh where depending on the opencascade
version in question, toolchain and hardware a slightly different
interpolation is found. Let us not compare the final mesh and simply
rely on the routine to throw an error if it cannot create and refine the
mesh.

Test: numerics/nonlinear_solver_selector_03_petsc: add output variant

I see a stable, but different, output for this test on three different
machines. Let us thus add an output variant for now.

Note that a proper fix would be to not print initial and final residuals
in these tests. Even though the numbers seem to be pretty stable.

Test mpi/hp_cell_weights_04: signal failure with a nonzero exit status

As we no longer compare output files for this (metis based) test we have
to signal an error condition (in this case we expect an exception to be
thrown!) with a nonzero exit status.

Test mpi/hp_cell_weights_04: do not compare output

Test mpi/hp_cell_weights_03: signal failure with a nonzero exit status

As we no longer compare output files for this (metis based) test we have
to signal an error condition (in this case we expect an exception to be
thrown!) with a nonzero exit status.

Test mpi/hp_cell_weights_03: do not compare output

Fix poor doxygen indentation choices.

Merge pull request #15387 from masterleinad/restrict_gridtools_cache_tests

add an entry in doc/news/changes/minor for PR #15377

Fix ArborX tests for Trilinos 14/Kokkos 4

Merge pull request #15388 from tamiko/fix_gmsh_tests

Testsuite: fix gmsh tests

Try to work around an Intel compiler issue.

Fix typos caught by the typos program.

Test metis/metis_*: only run tests, do not compare output

We currently carry 5 output variants per test and I would have to add
another 2 output variants for all tests to pass on the regression
tester.

I think it is time that we acknowledge that metis output is not stable.

Instead let us simply check that the tests compile and run successfully
without throwing an error.

Merge pull request #15377 from taojinllnl/remove_error_output_lapack_full_matrix

Remove error output in lapack_full_matrix.cc

Add a test for step-70.

gmsh/gmsh_api_05: add test variant

Test gmsh/gmsh_api_04: add test output variant

Test gmsh/gmsh_api*: add MPI_InitFinalize which is necessary if gmsh was built with MPI support

Instantiate MGTwoLevelTransferBase explicitly

Fix a CMake typo.

We now print the correct copyright year.

9.5: run the double-word typos script.

9.5: run codespell.

Merge pull request #15385 from tamiko/update_gitattributes

Release preparation: update gitattributes

Merge pull request #15380 from kronbichler/fix_fe_eval_factory_degree_max

Make FE_EVAL_FACTORY_DEGREE_MAX more robust

Merge pull request #15384 from tamiko/update_copyright_years

Release preparation: update copyright years

gitattributes: export cmake configuration file needed for quick tests

update copyright years: tests

update copyright years: cmake, contrib, doc, examples

update copyright years: include, source

Recommend the use of LD_PRELOAD

MatrixFree: Only set up the inner faces when so requested

Make FE_EVAL_FACTORY_DEGREE_MAX more robust

Merge pull request #15379 from masterleinad/restrict_gridtools_cache_tests

Restrict GridTools::Cache tests using Zoltan

Merge pull request #14978 from peterrum/fgmres_gs

Move OrthogonalizationStrategy into new file

Merge pull request #15378 from emmanuel-ferdman/wip

Restrict GridTools::Cache tests using Zoltan

Merge pull request #15376 from tamiko/mark_performance_tests_stable

Performance tests: small cleanup and documentation update

fix: update ninja build resource

Merge pull request #15297 from marcfehling/blockvector-reinit-ghosted

Choose to initialize BlockVector with ghost elements using reinit(partitioners).

Remove error output in lapack_full_matrix.cc

Based on the error values provided by LAPACK, provide detailed error messages via the AssertThrow mechanism.

Merge pull request #15372 from bangerth/wait

Wait for communication to finish.

Merge pull request #15286 from Rombur/cuda_deprecated

Deprecate our own CUDA backend

Merge pull request #15369 from jh66637/improve_name

improve name and documentation

Merge pull request #15373 from masterleinad/fix_doxygen_requires_petsc_timestepper

Fix doxygen for PETScWrappers::TimeStepper using DEAL_II_CXX20_REQUIRES

performance_tests/instrumentation_step_3: unify tests

tests/performance_tests: mark tests used in production as stable

Merge pull request #14955 from peterrum/CellwiseInverseMassMatrixImplBasic_run

Remove specialization of CellwiseInverseMassMatrixImplBasic::run()

Merge pull request #15327 from marcfehling/isnan-3

github-actions: Do not treat `tautological-constant-compare` as error.

Merge pull request #15349 from masterleinad/fix_petsc_tests

PETSc tests: Add alternative output files for clang-16

Merge pull request #15360 from drwells/update-tests

Update tests

Merge pull request #15374 from kronbichler/step-19-doc

Fix a typo in step-19

Merge pull request #15368 from luca-heltai/stefanozampini/fixes

Merge pull request #15366 from bangerth/affine-constraints

Fix a typo in step-19

Merge pull request #15365 from bangerth/19

Some updates to the step-19 documentation.

Merge pull request #15364 from jh66637/allow_less_dofs

NonNestedTransfer: allow to pass coarse DH with more dofs than fine DH

improve name and documentation

Fix doxygen for PETScWrappers::TimeStepper using DEAL_II_CXX20_REQUIRES

Wait for communication to finish.

Avoid a quadratic bottleneck in AffineConstraints::distribute().

Merge pull request #15303 from kronbichler/improve_instr_scheduling

Tensor product evaluation at arbitrary points: Optimize linear case

Merge pull request #15007 from peterrum/mapping_q_copy

Fix copy constructor of MappingQ

PETSc: Fix backward compatibility

Update the output of step-19.

Some updates to the step-19 documentation.

Merge pull request #15340 from sebproell/mg-p-transfer-fe-nothing

Fix MG p-transfer with FE_Nothing

Fix copy constructor of MappingQ

Remove specialization of CellwiseInverseMassMatrixImplBasic::run()

Reduce the number of casts

Apply optimizations to integrate

Improve instruction scheduling for linear tensor product values

Merge pull request #15348 from bangerth/conversion

Make sure a conversion is safe.

allow coarse DH with more DoFs than fine DH

Try catching correct excpetion type

Fix more tests

Don't print exc.what(): it isn't portable.

tests: Avoid a test link error.

For some reason this doesn't work in debug mode. When we require C++17
we can use proper inline constexpr variables so its not worth bothering
with a proper fix.

tests: fix call to rand().

1. Be more careful about sequence points
2. Use Testing::rand()