CMake: add define_interface_target()

This function defines interface targets for a given feature described by
appropriate CMake variables <FEATURE>_<SUFFIX>.

CMake: require CMake version 3.11

Merge pull request #14601 from luca-heltai/petsc-mpi-comm-in-vectors

Align PETSc mpi comm with comm of PETSc Vec type, and expose VecNest type

Merge pull request #14712 from peterrum/test_mg_k1

Merge pull request #14710 from drwells/reference-cell-consolidate-tables

ReferenceCell: consolidate some tables.

Global-coarsening MG: test linear elements

Merge pull request #14708 from marcfehling/cellweights

Added default constructor for CellWeights.

ReferenceCell: split a string.

ReferenceCell: use more switch statements.

ReferenceCell: use std::numeric_limits.

ReferenceCell: Introduce an alias for std::equal().

This makes this a lot easier to read.

ReferenceCell: consolidate some tables.

ReferenceCell: Use unsigned chars for orientation.

Triangulation: Use lines_per_face for indexing.

It's more descriptive as this array is only used in 3D.

Merge pull request #14361 from jh66637/is_neighbor

Fix warning: unused parameter ‘matrix_’ [-Wunused-parameter]

Use vmult and vmultT for PETSc shell preconditioning

remove defaults

PETScWrappers::VectorBase implement copy operator

Judging from 456c02ad25e, this was not implemented

Implement standard exception for missing user implementation

Remove PETSC_NULL occurrences

PETScWrappers: improve preconditioner class

Added support for SHELL preconditioning

Fix sundials test

Add missing compress in tests

Remove usage of VecGetValues

It fails with the newest versions of PETSc if the vector is not assembled

PETScWrappers: add a couple of missing reinits

remove NULL

PETScWrappers::MPI::BlockVector Add missing conversion operator for const

Make the documentation clear about what the assign function does.

Moved initialization of petsc_nest_vector into ctrs.

Apply suggestions from code review. Documentation part.

Co-authored-by: David Wells <drwells@email.unc.edu>

ChangeLog.

PETScWrappers: improve BlockVector class

remove the virtual method get_mpi_communicator,
and always return the communicator of the PETSc object

Remove now-unused orientation functions.

Switch to setting the combined orientation.

Merge pull request #14706 from drwells/remove-ReferenceCell-namespace

Remove reference cell namespace

Merge pull request #14707 from marcfehling/poisseuille

Minor changes to PoisseuilleFlow.

Added default constructor for CellWeights.

Minor changes to PoisseuilleFlow.

dealii::ReferenceCells -> ReferenceCells

Remove the internal::ReferenceCell namespace.

This namespace is annoying since it has the same name as a class (and therefore
takes precedence in lookup inside internal namespaces)

Merge pull request #14705 from masterleinad/fix_race_kokkos_initialize

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Exclude extern declaration from MS VC consideration.

Fix race condition in implicit Kokkos initialization

Also mark some variable instantiations as 'extern'.

Merge pull request #14703 from tamiko/fix_race_condition

Test: sundials/n_vector: fix race condition

Merge pull request #14700 from drwells/fix-static-assert-messages

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14699 from tamiko/add_missing_includes_2

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Improve two static_assert()s.

Merge pull request #14698 from bangerth/explicit

Declare the existence of explicit instantiations.

include/deal.II/optimization/line_minimization.h add missing include

Add BBox::has_overlap_with() and fix NeighborType for 1D overlapping BBoxes

Merge pull request #14697 from bangerth/doc-89

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14683 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-usematseqaij

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

Merge pull request #14684 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-zerorowscolumns

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

Merge pull request #14696 from tamiko/add_missing_includes

Tests: optimization/* add missing includes

Declare the existence of explicit instantiations.

Add a comment for a recent patch.

Merge pull request #14694 from drwells/n-face-orientations-2

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Tests: optimization/* add missing include

Some of the optimization tests use a std::function object but forget to
include the header. These tests work with older versions of libstdc++
due to some transitive include but fail for current versions:

/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:323:16: error: 'function' in namespace 'std' does not name a template type
  323 |     const std::function<std::pair<NumberType, NumberType>(const NumberType x)>
      |                ^~~~~~~~
/home/testsuite/workspace/regression_tests/dealii/include/deal.II/optimization/line_minimization.h:30:1: note: 'std::function' is defined in header '<functional>'; did you forget to '#include <functional>'?
   29 | #include <fstream>
  +++ |+#include <functional>
   30 | #include <limits>

Merge pull request #14688 from vyushut/keywords

Update doc/doxygen/tutorial/tutorial.h.in

Co-authored-by: Timo Heister <timo.heister@gmail.com>

Merge pull request #14690 from tamiko/always_run_quicktests

Use ReferenceCell::n_face_orientations() in a few more places.

Merge pull request #14677 from luca-heltai/stefanozampini/petsckokkos

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

Merge pull request #14687 from drwells/n-lines-warning

Re-implement a compiler warning workaround

Remove outdated comments

Add comments

Testsuite: run quick tests during build test

Apply suggestions from code review

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Update source/lac/petsc_matrix_base.cc

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Merge pull request #14681 from nlsmrg/replace-ucd-to-deal

Merge pull request #14689 from tamiko/add_tester_ng

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

CMake: Promote "tester-ng" to official regression tester

Merge pull request #14682 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-mpivectorbase

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Merge pull request #14679 from bangerth/vtu-cleanup

Minor cleanup in the VTU writer.

step-59, step-64, step85 keywords added

Re-implement a compiler warning workaround

Minor cleanup in the VTU writer.

Merge pull request #14680 from drwells/reference-cell-cases

Use switch statements in ReferenceCell

PETScWrappers::MatrixBase implement clear_rows_columns

PETScWrappers::MPI::SparseMatrix: use SEQAIJ with one process

PETScWrappers::MPI::Vector use VectorBase contructor from Vec

Update include/deal.II/lac/petsc_matrix_base.h

Co-authored-by: Wolfgang Bangerth <bangerth@colostate.edu>

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in grid_reordering.cc

Replace ucd_to_deal with a local vertex numbering in Triangulation

Merge pull request #14652 from masterleinad/workflow_tidy

Run clang-tidy in GitHub CI

Merge pull request #14678 from luca-heltai/stefanozampini/petsc-init-finalize

do not finalize PETSc/SLEPc if not initalized from deal.II

Use switch statements in ReferenceCell.

Patches like ebd03d41278 indicate that there's a measurable performance
advantage to not using a sequence of if statements.

ReferenceCell: convert to constexpr.

We can enable constexpr and disable the check on older compilers.

Merge pull request #14674 from bangerth/ref-cell-centralize

Centralize translation between deal.II and VTK numbering for pyramids.

Merge pull request #14675 from bangerth/deprecated

Avoid a deprecated function in the last context where it is used.

Merge pull request #14661 from bangerth/test-vtu

Test output of a simplex cell with n_subdivisions=2.

Merge pull request #14671 from masterleinad/fix_kokkos_4_0_openmp

Fix OpenMP flag for Kokkos >= 4.0.00

Merge pull request #14676 from luca-heltai/stefanozampini/minor

Configure: support KOKKOS when found with PETSc

This still require grabbing the compile flags and some special CUDA handling?

MPI_InitFinalize: do not finalize PETSc/SLEPc if we are not responsible for it

Minor changes to examples comments

Rename functions to better reflect their functionality.

Minor code cleanups in connectivity.h.