Merge pull request #14421 from bangerth/vtu-3

Install boost

Add a changelog.

Simplify step-40.

Avoid the use of deprecated constructors.

Deprecate the use of PETScWrapper::Solver* constructors that take an MPI communicator.

Simplify code.

Remove the need to store the MPI communicator in PETScWrappers::SolverBase.

Provide the ability to query the communicator from PETSc precondiditioners.

Merge pull request #14434 from drwells/sparsity-pattern-base-dof-tools

Merge pull request #14439 from bangerth/comment

Fix a misspelling in a comment.

Fix a misspelling in a comment.

DoFTools: use some ranged-for loops

Update CI workflow to CUDA 11.8

DoFTools: convert some functions to use add_row_entries().

SparsityPattern: add an assertion in input data.

Merge pull request #14427 from marcfehling/reinit

Make TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit accept Utilities::MPI::Partitioner.

Merge pull request #14432 from drwells/sparsity-pattern-base-particles

Particles: Remove template on sparsity pattern type.

Merge pull request #14431 from drwells/sparsity-pattern-base-nonmatching

Merge pull request #14425 from Rombur/belos

Guard Belos code with macros

DoFTools: Remove template on sparsity pattern type.

Particles: Remove template on sparsity pattern type.

NonMatching: Remove template on sparsity pattern type.

This is no longer necessary since all of our SparsityPatterns inherit from
SparsityPatternBase. This file was previously the most expensive to compile in
the entire library so cutting down the number of instantiations by a factor of 4
or 6 (with Trilinos) is quite nice.

Merge pull request #14415 from tamiko/ninja_workaround

Use copy function internally in LA::d::Vector.

Merge pull request #14423 from tjhei/rename-inst-file

Make TrilinosWrappers::MPI::Vector::reinit accept Utilities::MPI::Partitioner.

Guard Belos code with macros

Merge pull request #14422 from tjhei/remove-cu-doc-stuff

Merge pull request #14420 from drwells/de-template-af-local-to-global

De template AffineConstraints::add_entries_local_to_global()

Try to use std::make_tuple() to get around compiler warnings.

rename an inst file

remove .cu extension in program2doxygen

Work around a strange compiler issue.

The MPI build bot complains that using a {...} initializer list would require the use
of a conversion constructor marked as 'explicit':

data_out_base.cc:1156:29: error: converting to ‘std::tuple<unsigned int, unsigned int>’ from initializer list would use explicit constructor ‘constexpr std::tuple<_T1, _T2>::tuple(_U1&&, _U2&&) [with _U1 = unsigned int&; _U2 = unsigned int&; <template-parameter-2-3> = void; _T1 = unsigned int; _T2 = unsigned int]’

That makes no sense, but let's appease the compiler by being explicit.

Merge pull request #14377 from masterleinad/move_cuda_to_nvcc_wrapper_kokkos

Move CUDA compilation to Kokkos with nvcc_wrapper

Make a function return its object by value, rather than via reference.

Rename a function and associated objects.

Simplify the call to a function on a separate task.

Rename and refactor another function.

Simplify testing whether a cell is a hypercube.

Don't explicitly specify template arguments where not necessary.

Rename a variable. Unname another.

Let a function return by-value, rather than through multiple reference arguments.

AffineConstraints: de-template add_entries_local_to_global() part 2

AffineConstraints: de-template add_entries_local_to_global() part 1

AffineConstraints: de-template set_sparsity_diagonals().

Merge pull request #14418 from drwells/tw-sparsity-pattern-base

Merge pull request #14398 from drwells/remove-bsp-constraint-function

Merge pull request #14419 from drwells/bsp-block-sparsity-pattern-base

BlockSparsityPatternBase: inherit from SparsityPatternBase.

BlockSparsityPatternBase: inherit from SparsityPatternBase.

TrilinosWrappers::SparsityPattern: inherit from SparsityPatternBase.

TrilinosWrappers::SparsityPattern: clean up whitespace.

Optimize BlockSparsityPatternBase::add_entries().

We can avoid some expensive parts and looping over data more than once by
utilizing the fact that the DoFs are sorted, which implies that they are also
sorted by block.

Merge pull request #14406 from bangerth/vtu-2

More refactoring of the VTU output.

Merge pull request #14413 from tcojean/fix_findginkgo_cmake

Fix FindGINKGO.cmake for Ginkgo 1.5.0

Merge pull request #14384 from kronbichler/performance_test

Add performance test showing compressible Navier-Stokes equations

AffineConstraints: remove the block sparsity constraint function.

This function predates BlockSparsityPatternBase<T>::add_entries(), which does
the same thing (essentially just updating the individual blocks after computing
offsets). For good measure I added a test which verifies that we get identical
output with constraints and a DoF mask table before and after the switch.

Merge pull request #14414 from lpsaavedra/fix_small_typo

Fix small typos in the intro.dox of Step-66

add a changes entry

CMake: add a compile_test_executables target

This commit adds a top-level compile_test_executables and modifies the
ADD_TEST() macro to let it depend on all executables generated by our
DEAL_II_PICKUP_TESTS() mechanism.

This is mainly intended for user projects and works around the issue
that simultaneous calls to ninja are not reentrant, meaning when
configuring a user project with ninja one is otherwise limited to run
tests in serial.

Fix small typos in intro.dox

Mention reason for change.

Co-authored-by: Martin Kronbichler <martin.kronbichler@uni-a.de>

Fix FindGINKGO.cmake for Ginkgo 1.5.0

Merge pull request #14396 from drwells/add-sparsity-pattern-base

(Dynamic)SparsityPattern: inherit from SparsityPatternBase.

Merge pull request #14409 from bangerth/x-1

Merge pull request #14410 from bangerth/x-3

Remove comments that don't actually explain anything.

Use a range-based for loop.

Remove comments that don't actually explain anything.

Do not mark functions in anonymous namespaces as 'static'.

Merge pull request #14407 from bangerth/doc-3

Add a documentation note.

Merge pull request #14408 from bangerth/doc-2

Fix a mistake in the documentation.

Re-factor the use of write_nodes() for VTU output.

As part of this, just output the vertex locations as one big array (like all
other data), rather than breaking it every three coordinates onto a
separate line.

Do not use VtuStream to output data object; do it directly.

Fix a mistake in the documentation.

Add a documentation note.

Merge pull request #14397 from drwells/cleanup-bsp

Cleanup BSP

Merge pull request #14404 from drwells/update-cuda-tester-backports

CI: Update backports.

Merge pull request #14402 from bangerth/vtu

Refactor compressing arrays for VTU output.

CI: Update backports.

We may as well use the most recent dependency backports.

Merge pull request #14401 from bangerth/doc-3

Refactor compressing arrays for VTU output.

Minor fix to aid understand what a sentence means.

Add BlockSparsityPatternBase::memory_consumption().

None of the inheriting classes add any class members so this should be here
instead of in BlockSparsityPattern.

BlockSparsityPatternBase: Convert rows/cols to block_rows/block_cols.

Merge pull request #14323 from mschreter/mca_merge_duplicates

GridTools::MarchingCubeAlgorithm: merge duplicate vertices in process()

Merge pull request #14395 from kronbichler/warning_2

Fix a warning regarding unused variable

BlockSparsityPatternBase: Refactor some row number checking.

BlockSparsityPatternBase: C++11 cleanups.

(Dynamic)SparsityPattern: inherit from SparsityPatternBase.

Fix a warning regarding unused variable

Merge pull request #14393 from marcfehling/doc-hpref

Add reference to dissertation in hp::Refinement namespace.

Merge pull request #14352 from peterrum/SolverBelos

Add TrilinosWrappers::SolverBelos

Merge pull request #14355 from masterleinad/update_gh_ci_20.04

Use Ubuntu 20.04 in GitHub actions

Merge pull request #14388 from bangerth/ca

Add to the documentation of the ConsensusAlgorithms functions.

Merge pull request #14328 from peterrum/gc_embedded_partitioner

Global coarsening: introduce embedded partitioner

Add reference to dissertation in hp::Refinement namespace.

Global coarsening: introduce embedded partitioner

Merge pull request #14394 from tjhei/kelly_typos

minor doc fixes for KellyEstimator

minor doc fixes for KellyEstimator

Add to the documentation of the ConsensusAlgorithms functions.