From dd7e3f1400b4f743cae2b5d01e7f5653d46d033d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: David Wells Date: Tue, 4 May 2021 17:10:27 -0400 Subject: [PATCH] Fix compilation with intel 17 (and a UCD bug). In particular, the new function set_node_numbers sets up the internal node numbers for patches in the deal.II numbering, not UCD or DX or anything else. However, the code nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[0]] = start; assumes the RHS values are numbered with UCD (e.g., that start is the global index for local UCD vertex number 0), which is not correct. Hence: fixing this bug corrected the UCD output for many tests. --- doc/news/changes/minor/20210506DavidWells | 4 + source/base/data_out_base.cc | 142 ++++--- tests/data_out/data_out.output | 104 ++--- tests/data_out/data_out_01.output | 210 +++++----- tests/data_out/data_out_02.output | 210 +++++----- tests/data_out/data_out_06.output | 210 +++++----- tests/data_out/data_out_07.output | 210 +++++----- tests/data_out/data_out_base.output | 432 ++++++++++----------- tests/data_out/data_out_rotation_01.output | 392 +++++++++---------- tests/data_out/data_out_rotation_02.output | 392 +++++++++---------- tests/data_out/data_out_rotation_05.output | 392 +++++++++---------- 11 files changed, 1373 insertions(+), 1325 deletions(-) create mode 100644 doc/news/changes/minor/20210506DavidWells diff --git a/doc/news/changes/minor/20210506DavidWells b/doc/news/changes/minor/20210506DavidWells new file mode 100644 index 0000000000..a341318e0c --- /dev/null +++ b/doc/news/changes/minor/20210506DavidWells @@ -0,0 +1,4 @@ +Fixed: DataOutBase::write_ucd() has been fixed to output vertices in the correct +order. Previously, cells were tangled when read with Paraview's AVS-UCD reader. +
+(David Wells, 2021/05/06) diff --git a/source/base/data_out_base.cc b/source/base/data_out_base.cc index 860b01c470..f05e5b2e79 100644 --- a/source/base/data_out_base.cc +++ b/source/base/data_out_base.cc @@ -1427,6 +1427,82 @@ namespace + // Separate these out to avoid an internal compiler error with intel 17 + namespace DataOutBaseImplementation + { + /** + * Set up the node numbers for a given cell being written to an output + * stream. + */ + template + std::array::vertices_per_cell> + set_node_numbers(const unsigned int /*start*/, + const unsigned int /*d1*/, + const unsigned int /*d2*/, + const unsigned int /*d3*/) + { + Assert(false, ExcInternalError()); + return {}; + } + + + + template <> + std::array::vertices_per_cell> + set_node_numbers<1>(const unsigned int start, + const unsigned int d1, + const unsigned int /*d2*/, + const unsigned int /*d3*/) + + { + std::array::vertices_per_cell> nodes; + nodes[0] = start; + nodes[1] = start + d1; + return nodes; + } + + + + template <> + std::array::vertices_per_cell> + set_node_numbers<2>(const unsigned int start, + const unsigned int d1, + const unsigned int d2, + const unsigned int /*d3*/) + + { + std::array::vertices_per_cell> nodes; + nodes[0] = start; + nodes[1] = start + d1; + nodes[2] = start + d2; + nodes[3] = start + d2 + d1; + return nodes; + } + + + + template <> + std::array::vertices_per_cell> + set_node_numbers<3>(const unsigned int start, + const unsigned int d1, + const unsigned int d2, + const unsigned int d3) + { + std::array::vertices_per_cell> nodes; + nodes[0] = start; + nodes[1] = start + d1; + nodes[2] = start + d2; + nodes[3] = start + d2 + d1; + nodes[4] = start + d3; + nodes[5] = start + d3 + d1; + nodes[6] = start + d3 + d2; + nodes[7] = start + d3 + d2 + d1; + return nodes; + } + } // namespace DataOutBaseImplementation + + + template void DXStream::write_cell(unsigned int, @@ -1435,36 +1511,23 @@ namespace unsigned int d2, unsigned int d3) { - int nodes[1 << dim]; - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[0]] = start; - if (dim >= 1) - { - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[1]] = start + d1; - if (dim >= 2) - { - // Add shifted line in y direction - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[2]] = start + d2; - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[3]] = start + d2 + d1; - if (dim >= 3) - { - // Add shifted quad in z direction - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[4]] = start + d3; - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[5]] = start + d3 + d1; - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[6]] = start + d3 + d2; - nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[7]] = start + d3 + d2 + d1; - } - } - } + const auto nodes = + DataOutBaseImplementation::set_node_numbers(start, d1, d2, d3); if (flags.int_binary) - stream.write(reinterpret_cast(nodes), - (1 << dim) * sizeof(*nodes)); + { + std::array::vertices_per_cell> temp; + for (unsigned int i = 0; i < nodes.size(); ++i) + temp[i] = nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[i]]; + stream.write(reinterpret_cast(temp.data()), + temp.size() * sizeof(temp[0])); + } else { - const unsigned int final = (1 << dim) - 1; - for (unsigned int i = 0; i < final; ++i) - stream << nodes[i] << '\t'; - stream << nodes[final] << '\n'; + for (unsigned int i = 0; i < nodes.size() - 1; ++i) + stream << nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[i]] << '\t'; + stream << nodes[GeometryInfo::dx_to_deal[nodes.size() - 1]] + << '\n'; } } @@ -1613,32 +1676,13 @@ namespace unsigned int d2, unsigned int d3) { - int nodes[1 << dim]; - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[0]] = start; - if (dim >= 1) - { - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[1]] = start + d1; - if (dim >= 2) - { - // Add shifted line in y direction - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[2]] = start + d2; - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[3]] = start + d2 + d1; - if (dim >= 3) - { - // Add shifted quad in z direction - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[4]] = start + d3; - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[5]] = start + d3 + d1; - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[6]] = start + d3 + d2; - nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[7]] = start + d3 + d2 + d1; - } - } - } + const auto nodes = + DataOutBaseImplementation::set_node_numbers(start, d1, d2, d3); // Write out all cells and remember that all indices must be shifted by one. stream << index + 1 << "\t0 " << ucd_cell_type[dim]; - const unsigned int final = (1 << dim); - for (unsigned int i = 0; i < final; ++i) - stream << '\t' << nodes[i] + 1; + for (unsigned int i = 0; i < nodes.size(); ++i) + stream << '\t' << nodes[GeometryInfo::ucd_to_deal[i]] + 1; stream << '\n'; } diff --git a/tests/data_out/data_out.output b/tests/data_out/data_out.output index 4515efbf6d..22b54aafde 100644 --- a/tests/data_out/data_out.output +++ b/tests/data_out/data_out.output @@ -2771,36 +2771,36 @@ endgmv 239 0.5 0.75 -1.8e-16 240 0.5 1 -2.4e-16 -1 0 hex 1 2 5 6 4 3 8 7 -2 0 hex 9 10 13 14 12 11 16 15 -3 0 hex 17 18 21 22 20 19 24 23 -4 0 hex 25 26 29 30 28 27 32 31 -5 0 hex 33 34 37 38 36 35 40 39 -6 0 hex 41 42 45 46 44 43 48 47 -7 0 hex 49 50 53 54 52 51 56 55 -8 0 hex 57 58 61 62 60 59 64 63 -9 0 hex 65 66 69 70 68 67 72 71 -10 0 hex 73 74 77 78 76 75 80 79 -11 0 hex 81 82 85 86 84 83 88 87 -12 0 hex 89 90 93 94 92 91 96 95 -13 0 hex 97 98 101 102 100 99 104 103 -14 0 hex 105 106 109 110 108 107 112 111 -15 0 hex 113 114 117 118 116 115 120 119 -16 0 hex 121 122 125 126 124 123 128 127 -17 0 hex 129 130 133 134 132 131 136 135 -18 0 hex 137 138 141 142 140 139 144 143 -19 0 hex 145 146 149 150 148 147 152 151 -20 0 hex 153 154 157 158 156 155 160 159 -21 0 hex 161 162 165 166 164 163 168 167 -22 0 hex 169 170 173 174 172 171 176 175 -23 0 hex 177 178 181 182 180 179 184 183 -24 0 hex 185 186 189 190 188 187 192 191 -25 0 hex 193 194 197 198 196 195 200 199 -26 0 hex 201 202 205 206 204 203 208 207 -27 0 hex 209 210 213 214 212 211 216 215 -28 0 hex 217 218 221 222 220 219 224 223 -29 0 hex 225 226 229 230 228 227 232 231 -30 0 hex 233 234 237 238 236 235 240 239 +1 0 hex 1 2 6 5 3 4 8 7 +2 0 hex 9 10 14 13 11 12 16 15 +3 0 hex 17 18 22 21 19 20 24 23 +4 0 hex 25 26 30 29 27 28 32 31 +5 0 hex 33 34 38 37 35 36 40 39 +6 0 hex 41 42 46 45 43 44 48 47 +7 0 hex 49 50 54 53 51 52 56 55 +8 0 hex 57 58 62 61 59 60 64 63 +9 0 hex 65 66 70 69 67 68 72 71 +10 0 hex 73 74 78 77 75 76 80 79 +11 0 hex 81 82 86 85 83 84 88 87 +12 0 hex 89 90 94 93 91 92 96 95 +13 0 hex 97 98 102 101 99 100 104 103 +14 0 hex 105 106 110 109 107 108 112 111 +15 0 hex 113 114 118 117 115 116 120 119 +16 0 hex 121 122 126 125 123 124 128 127 +17 0 hex 129 130 134 133 131 132 136 135 +18 0 hex 137 138 142 141 139 140 144 143 +19 0 hex 145 146 150 149 147 148 152 151 +20 0 hex 153 154 158 157 155 156 160 159 +21 0 hex 161 162 166 165 163 164 168 167 +22 0 hex 169 170 174 173 171 172 176 175 +23 0 hex 177 178 182 181 179 180 184 183 +24 0 hex 185 186 190 189 187 188 192 191 +25 0 hex 193 194 198 197 195 196 200 199 +26 0 hex 201 202 206 205 203 204 208 207 +27 0 hex 209 210 214 213 211 212 216 215 +28 0 hex 217 218 222 221 219 220 224 223 +29 0 hex 225 226 230 229 227 228 232 231 +30 0 hex 233 234 238 237 235 236 240 239 1 1 solution,dimensionless @@ -4735,28 +4735,28 @@ endgmv 175 0.75 0.5 0.5 176 1 0.5 0.5 -1 0 hex 1 2 5 6 4 3 8 7 -2 0 hex 9 10 13 14 12 11 16 15 -3 0 hex 17 18 21 22 20 19 24 23 -4 0 hex 25 26 29 30 28 27 32 31 -5 0 hex 33 34 37 38 36 35 40 39 -6 0 hex 41 42 45 46 44 43 48 47 -7 0 hex 49 50 53 54 52 51 56 55 -8 0 hex 57 58 61 62 60 59 64 63 -9 0 hex 65 66 69 70 68 67 72 71 -10 0 hex 73 74 77 78 76 75 80 79 -11 0 hex 81 82 85 86 84 83 88 87 -12 0 hex 89 90 93 94 92 91 96 95 -13 0 hex 97 98 101 102 100 99 104 103 -14 0 hex 105 106 109 110 108 107 112 111 -15 0 hex 113 114 117 118 116 115 120 119 -16 0 hex 121 122 125 126 124 123 128 127 -17 0 hex 129 130 133 134 132 131 136 135 -18 0 hex 137 138 141 142 140 139 144 143 -19 0 hex 145 146 149 150 148 147 152 151 -20 0 hex 153 154 157 158 156 155 160 159 -21 0 hex 161 162 165 166 164 163 168 167 -22 0 hex 169 170 173 174 172 171 176 175 +1 0 hex 1 2 6 5 3 4 8 7 +2 0 hex 9 10 14 13 11 12 16 15 +3 0 hex 17 18 22 21 19 20 24 23 +4 0 hex 25 26 30 29 27 28 32 31 +5 0 hex 33 34 38 37 35 36 40 39 +6 0 hex 41 42 46 45 43 44 48 47 +7 0 hex 49 50 54 53 51 52 56 55 +8 0 hex 57 58 62 61 59 60 64 63 +9 0 hex 65 66 70 69 67 68 72 71 +10 0 hex 73 74 78 77 75 76 80 79 +11 0 hex 81 82 86 85 83 84 88 87 +12 0 hex 89 90 94 93 91 92 96 95 +13 0 hex 97 98 102 101 99 100 104 103 +14 0 hex 105 106 110 109 107 108 112 111 +15 0 hex 113 114 118 117 115 116 120 119 +16 0 hex 121 122 126 125 123 124 128 127 +17 0 hex 129 130 134 133 131 132 136 135 +18 0 hex 137 138 142 141 139 140 144 143 +19 0 hex 145 146 150 149 147 148 152 151 +20 0 hex 153 154 158 157 155 156 160 159 +21 0 hex 161 162 166 165 163 164 168 167 +22 0 hex 169 170 174 173 171 172 176 175 1 1 solution,dimensionless diff --git a/tests/data_out/data_out_01.output b/tests/data_out/data_out_01.output index fb65d510e0..7d4ba43384 100644 --- a/tests/data_out/data_out_01.output +++ b/tests/data_out/data_out_01.output @@ -1212,21 +1212,21 @@ end 119 0.250000 0.500000 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